Zajímali jsme se o pH závislost fluorescenčních a UV absorpčních spekter dvou segmentů MADS-boxu. Jako spektroskopická sonda byl použit v obou případech vlastní vnitřní fluorofor, tyrosin. Prokázali jsme, že pKa hodnota tyrosin/tyrosinátového přechodu je výrazně ovlivněna aminokyselinami v jeho bezprostřední blízkosti. K přesnému určení pKa na základě spektroskopických měření byla využita nově vyvinutá metodika založená na faktorové analýze. Tuto metodu lze využít k určení pKa libovolného oligopeptidu nesoucího alespoň jednu pH-citlivou fotosenzitivní aminokyselinu nebo sondu a obecně může být použita na celou řadu spektroskopických technik.
Podíl hlavního řešitele na publikaci: dominantní - provedení veškerých experimentů, většiny analýz a podíl na psaní samotného textu.

Vysoká pH citlivost kratšího segmentu (oktameru) SRF (Serum response factor) byla zkoumána pomocí Ramanovy a infračervené spektroskopie a cirkulárního dichroismu. Podrobná interpretace jemnějších spektrálních změn byla umožněna použitím molekulárně dynamických a DFT (density functional theory) výpočtů. Přestože nebyl pozorován větší rozdíl mezi spektry v kyselém a neutrálním prostředí, spektrum v bazickém pH bylo podstatně odlišné. Hlavní změny byly přisouzeny deprotonaci tyrosinu. Sekundární struktura fragmentu byla určena jak experimentálně, tak předpovězena teoreticky. Všechny přístupy prokázaly, že segment existuje v dynamické rovnováze mezi několika konformacemi podobnými beta turn, neuspořádané a rozvolněné struktuře, což je v kontrastu se stabilní strukturou, kterou oktamer zaujímá jako součást SRF. Obecně byla představena metodologie, která může být s výhodou použita ke studiu středně dlouhých oligopeptidů.
Podíl hlavního řešitele na publikaci: dominantní - provedení veškerých experimentů, většiny analýz a podíl na psaní samotného textu.

Zajímali jsme se o pH závislost fluorescenčních a UV absorpčních spekter dvou segmentů MADS-boxu. Jako spektroskopická sonda byl použit v obou případech vlastní vnitřní fluorofor, tyrosin. Prokázali jsme, že pKa hodnota tyrosin/tyrosinátového přechodu je výrazně ovlivněna aminokyselinami v jeho bezprostřední blízkosti. K přesnému určení pKa na základě spektroskopických měření byla využita nově vyvinutá metodika založená na faktorové analýze. Tuto metodu lze využít k určení pKa libovolného oligopeptidu nesoucího alespoň jednu pH-citlivou fotosenzitivní aminokyselinu nebo sondu a obecně může být použita na celou řadu spektroskopických technik.