  Typ výsledku
Autor celku
Název celku(Celkem 4 zázn.)
|
|---|
| Filandrová, Růžena; Kavan, Daniel; Kádek, Alan; Novák, Petr; Man, Petr. Studying Protein–DNA Interactions by Hydrogen/Deuterium Exchange Mass Spectrometry. In Poterszman, Arnaud (Editor). Multiprotein Complexes: Methods and Protocols (Methods in Molecular Biology (2247)). New York: Humana Press, 2021. s. 193–219. ISBN 978-1-0716-1125-8. [Kapitola nebo část knihy] V této publikaci byl představen optimalizovaný protokol pro provádění experimentů vodík/deuteriové výměny ve spojení s hmotnostní spektrometrií na komplexech transkripčních faktorů s DNA, který byl získán během provádění těchto experimentů v rámci práce na tomto projektu.
|
| Filandrová, Růžena; Vališ, Karel; Černý, Jiří; Chmelík, Josef; Slavata, Lukáš; Fiala, Jan; Rosůlek, Michal; Kavan, Daniel; Man, Petr; Chum, Tomáš; Cebecauer, Marek; Fabris, Daniele; Novák, Petr. Motif orientation matters: structural characterization of TEAD1 recognition of genomic DNA. Structure, 2021, sv. 29, s. 1–12. ISSN 1878-4186. IF 4.862. [Článek v časopise] V rámci tohoto článku byly publikovány výsledky týkající se vlivu orientace DNA vazebného motivu na jeho interakci s transkripčním faktorem TEAD1. Za využití metod strukturní hmotnostní spektrometrie, počítačového modelování a biochemických technik jako je smFRET, ChIP-qPCR nebo fluorescenční anisotropie bylo zjištěno, že TEAD1 je schopen vazby na nízkoafinní invertovaný M-CAT motiv a byla také vysvětlena strukturní podstata této vazby.
|
| Filandrová, Růžena; Kúdelová, Veronika; Fiala, Jan; Vališ, Karel a Novák, Petr, Poster prezentovaný na VIB konferenci: Next-Generation Protein Analysis and Detection (3rd edition) s názvem „Combining native MS and H/D exchange for quick evaluation of transcription factor-DNA complexes", ve kterém je shrnuta velká část výsledků získaných v průběhu roku 2019 [Jiný výsledek] |
| Lišková, Růžena; Vališ, Karel; Fiala, Jan; Chmelík, Josef; Černý, Jiří; Novák, Petr, Poster s názvem „Binding affinity of TEAD transcription factor and its DNA response M-CAT elements studied by structural mass spectrometry“, který byl prezentován na konferenci „8th Symposium on Structural Proteomics“. Data v něm prezentovaná jsou také podkladem pro připravovanou publikaci. [Jiný výsledek] |
