V rámci článku jsem rozebrala důležitý aktuální rozsudek SDEU ze dne 12. 10. 2023, C-57/22 k české předběžné otázce ve věci YQ proti Ředitelství silnic a dálnic včetně předcházející a navazující judikatury Nejvyššího soudu a Ústavního soudu. Judikatura řeší otázku nároku zaměstnance na dovolenou v případě sporu o neplatnost rozvázání pracovního poměru. Nejvyšší soud byl v návaznosti na právní názor vyslovený SDEU a na předchozí judikaturu SDEU nucen přehodnotit svoji dosavadní ustálenou judikaturu k této otázce. Současně se tato judikatura promítá do návrhu novely zákoníku práce, která je aktuálně projednávána v Poslanecké sněmovně Parlamentu ČR.

Publikovaný článek v časopisu Sociológia.

Publikace odpovídá vedlejšímu cíli studie - hodnocení motorických dovedností pacientů s akutní lymfoblastickou leukémií. Je publikovaná v časopise s vyšším impactem, který je ve své kategorii v Q1.

Submitted article under review

(Q2)

The manuscript is in its 1st round of the peer-review revision.

(Q3)

(Q2).

The manuscript is in its 2nd round of the peer-review revision. Submission tracking link: https://track.authorhub.elsevier.com/?uuid=e6b1ddb8-2987-40ef-a928-32b4f08db834

(Q2)

Vážená Rado GA UK,

dovoluji si Vás informovat o průběhu řešení mého projektu GA UK. Vzhledem ke změně tématu mé disertační práce, na které bylo původní řešení projektu navázáno, jsem v rámci grantu pracoval na novém výzkumném záměru s názvem Anaerobic Power as a Key Predictor of Performance in Elite Kayaking.

V průběhu aktuálního akademického roku jsem dokončil analýzu dat, připravil odborný článek a odeslal jej do recenzního řízení v mezinárodním časopise Human Movement. Článek je plně dedikován agentuře GA UK.

Rukopis úspěšně prošel dvěma koly recenzního řízení. Na základě provedených úprav byl článek přijat k publikaci. Z přiložené komunikace s redakcí mj. vyplývá:

"I am pleased to inform you that your manuscript, entitled: Anaerobic Power as a Key Predictor of Performance in Elite Kayaking (HUMMOV-01074-2025-03), has been initially accepted for publication in our journal."

"We would like to inform that your paper will be published after receiving publishing fee..."

Na základě této výzvy jsem obratem uhradil publikační poplatek a aktuálně čekám na oficiální potvrzení o finálním přijetí a zařazení článku k vydání.

Z výše uvedeného důvodu si Vás dovoluji požádat o prodloužení termínu uzavření projektu maximálně o 10 dní, abych mohl do závěrečné zprávy doložit oficiální potvrzení o publikaci. V tuto chvíli se jedná skutečně pouze o administrativní dokončení procesu.

Děkuji Vám za pochopení a za dosavadní podporu při realizaci tohoto výzkumného záměru

Abstrakt

Aims: Metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease (MASLD) affects a significant portion of the global population, with mitochondrial dysfunction playing a pivotal role in its pathogenesis. Although FXR agonists such as obeticholic acid (OCA) have been studied as potential treatments for MASLD, the direct effects of OCA on the liver are still not fully understood. This study aimed to evaluate the effects of OCA in an in vivo model of MASLD.
Materials and methods: Male C57BL/6J mice were fed a control diet (CD) or a Western diet (WD) enriched with glucose and fructose in the drinking water for 36 weeks. During the final 3 weeks, mice received OCA (5 or 10 mg/kg) or vehicle. Liver histology, biochemical parameters, gene expression, and mitochondrial respiration were assessed.
Key findings: WD-fed mice exhibited increased body and liver weights and elevated aminotransferases, none of which were altered by OCA. OCA treatment did not significantly impact steatosis, inflammation, fibrosis, or hepatic lipid content. WD feeding reduced succinate-stimulated hepatic mitochondrial respiration, associated with decreased succinate dehydrogenase (Sdh) expression. OCA partially restored Sdh subunits B and C expression but did not significantly improve respirometric parameters.
Significance: Our findings consistently demonstrate that OCA administration in an established diet-induced murine model of MASLD does not improve hepatic steatosis or inflammation. Moreover, the WD-induced decrease in succinate-stimulated mitochondrial respiration was not ameliorated by OCA. This reduction was associated with decreased Sdh expression, which was partially recovered by OCA.

Před podáním a publikací článku jsem se vdala. Článek je podpesán mým novým příjmením - Benešová.

IF 3, Q1 WOS
přestože vyšel v létě 2024, má již 2 citace na WOS.

Výstup z roku 2024, z technických důvodů nelze vložit do roku 2024, proto vloženo do 2025

Jedná se o průběžnou zprávu z výzkumu v podobě článku, která bude v roce 2025 pokračovat dalšími dvěma díly. První díl podle plánu shrnuje infrastrukturu poskytovanou NIPOS, která slouží jako výchozí srovnávací materiál celého výzkumu. Jelikož byly publikační výsledky za celý výzkum naplánovány až do druhého roku trvání, tak je tento výstup oproti plánu nadstandardní. Finální studie o celém výzkumu je plánována do časopisu Hudební věda na konci roku 2025.

Číslo bude vydáno v prvním pololetí roku 2025 viz potvrzení od šéfredaktorky v příloze.

The article is forthcoming. Attached is the galley proof with my comments, which are currently being addressed by the publisher.

The article has been accepted by the journal to be published in 2026, provided that reviewers' recommendations are implemented.

Publikovaný článek: Tereza Tesarova, Ondrej Fiala, Milan Hora, and Radka Vaclavikova. Přehledový článek: Non-coding transcriptome profiles in clear-cell renal cell carcinoma. Nature reviews urology ISSN 1759-4820, 2024. https://doi.org/10.1038/s41585-024-00926-3. Článek zatím publikovaný pouze online.

The co-investigator of the project, V. Finger, and the principal investigator, M. Kufa, contributed to the synthesis of the studied compounds and were also involved in investigating the relationships between structure and antimycobacterial activity. Co-investigator V. Finger became the first author of the article.

The journal European Journal of Medicinal Chemistry is ranked in the first quartile in the field of Chemistry, Medicinal on WoS, both according to the IF and AIS indicators.

The published purines served as a foundation for further research by both V. Finger and M. Kufa.

The principal investigator, M. Kufa, conducted a detailed literature review, wrote the majority of the manuscript, and contributed to later revisions.

The journal Acta Pharmaceutica Sinica B is ranked in the first quartile in the field of Pharmacology and Pharmacy on WoS, both according to the IF and AIS indicators.

The Revue Internationale des Droits de l'Antiquité is widely regarded as one of the most prestigious journals in the field of Roman law. This is evidenced by its distinguished editorial board (see here: https://presses.uliege.be/publications/revues/revue-internationale-des-droits-de-lantiquite-rida/) and its close affiliation with the Société Internationale des Historiens du Droit (SIHDA), which organizes annual conferences on Roman law.

Although the journal is not indexed in major international legal databases, it holds significant esteem within the Romanist academic community. Both of my professors highly recommended publishing in this journal due to its scholarly reputation.

The 2024 volume of the journal has yet to be published, primarily due to delays in securing sufficient reviewers and editorial staff, who are currently overburdened with other responsibilities.

Noting the research gap on the efficiency of the EU Blocking Statute, the article builds on firm-level data on FDI flows between EU Member States and Iran in the period around August 2018 and a collection of 17 decisions of EU Members' national courts. It detects a negative correlation between the EU Blocking Statute and FDI projects, implying that the Regulation neither contributed to the increase in FDI volumes, nor did it prevent FDI pullback from Iran. As the existing case law suggests, one of the explanations for this trend is the reversed effect of the legal act on EU operators. Instead of being protected against economic coercion by third States, European companies are legally forced to retain their business ties with Iran at the cost of being penalised by US authorities.

The European Politics and Society journal was selected among Q1-ranked journals for the publication of the text due to its interest in research studies in international relations, focusing on the (re-)construction of European values through various societal mechanisms, including law. The journal specifically targets audience interested in EU affairs. Articles published in this journal are accessible through EBSCO and ProQuest collections and reach wider audience.

The article has passed the initial review stage (no desk reject). The author is expecting the first round of comments by the reviewers.

Given the research design of the article, the principal researcher opted for a single-authored article with consultations of the economic data analysis with dr. Klosek.

The submission of the article was postponed until late February 2025 due to long-term medical treatment of the author (oncological disease detected in January 2024).

At the request of the Commission, the published version of the article will be submitted for its internal review. The findings are expected to complement the empirical evidence and provide guidance in the stalled amendment process of the Regulation.

The article summarises the research findings on the case law of EU courts applying the Blocking Statute. Based on the economic data on trade volumes and FDI flows, the author has identified five jurisdictions with strongest economic ties, namely Germany, the Netherlands, Italy, UK and France. In all of these jurisdictions, the Blocking Statute has been already invoked in civil proceedings before the national courts. As the analysis of the reasoning of their rulings shows, the national courts have been highly proactive in enforcing the EU's sanction busting agenda at the cost of economic hardships for the EU operators. While the CJEU in the case of Bank Melli v. Telekom Deutschland attempted to adopt a more reasonable approach, introducing an open-ended proportionality test, the pragmatic tune has not resonated on the domestic level.

The European Law Journal was selected among Q1-ranked journals for the publication of the text due to its interest in cross-sectional research, combining political, economic and legal perspectives, and exclusive focus on the EU agenda. Articles published in this journal are widely accessible through EBSCO and ProQuest collections and reach wider audience.

The article has passed the initial review stage. The enclosed version contains a text after the incorporation of the first-round comments. Currently, the comments from the second reviewer are expected.

The submission of the article was postponed until late January 2025 due to long-term medical treatment of the author (oncological disease detected in January 2024).

At the request of the Commission, the published version of the article will be submitted for its internal review. The findings are expected to complement the empirical evidence and provide guidance in the stalled amendment process of the Regulation.

doi:10.1017/S0960777325000153

Publikace výsledků projektu v impaktovaném časopise.

Přehledový článek

https://doi.org/10.1007/s00381-024-06612-4

Rozsáhlý přehledový článek zaměřený na reakce gliových buněk na traumatické poranění mozku (traumatic brain injury, TBI), porovnání modelů TBI, dlouhodobé dopady TBI a propojení s neurodegenerativními onemocněními. Článek se také zabývá experimentálními přístupy a možnostmi léčby TBI.

Analýzou kosterních pozůstatků z lokality Lungi Tepa byla identifikována DNA prvoka rodu Plasmodium - původce malárie. Zjištěné výsledky byly následně publikovány v odborném článku věnujícím se historickému rozšíření této nemoci.

Oral presentation at International Congress of Psychology 2024, Book of Abstracts ICP 2020+

Josef Bajzik acknowledges support from the Charles University, project GA UK no. 291223

This article was subitted and is awaiting feedback from the reviewers for purposes of possible revision by the authors. The study was funded by Charles University through the GAUK programme, project ID 388321. Writing this paper was supported by the Czech Science Foundation (GACR), project ID 22-26896S.

Článek_Jindřich Oukropec, Na základě výzkumu podpořeném GAUK jsem letos v srpnu publikoval v časopise International Journal of Strategic Communication vydavatelství Taylor & Francis jako jediný autor článek s názvem "Strategic Defense Against Misinformation: Empirical Findings on Paracrisis Responses". Článek je dostupný na adrese: https://www.tandfonline.com/doi/10.1080/1553118X.2024.2382984 [Jiný výsledek]

Článek se zabývá relativním datováním skalních bloků, navazující genetickou klasifikací a diskuzí faktorů ovlivňujících měření Schmidtovým kladívkem.
Skalní řícení, dominantní genetický zdroj skalních bloků, je zároveň jeden z hlavních spoušťových faktorů událostí GLOF. Pochopení časoprostorové dynamiky skalních řícení je pro studium GLOF velmi důležité.

https://doi.org/10.3174/ajnr.A8432

Polymer brush (PB) coatings represent a powerful method of tuning surface physicochemical properties in a broad number of fields including biosensing, which require PB synthesis onto 10–100 or more substrates per day. Typically, PBs are synthesized by surface-initiated atom transfer radical polymerization (SI-ATRP) in Schlenk reactors that need large volumes of solutions, imposing substantial economic challenges for mass synthesis, as typically only 0.1% or less of monomers are polymerized. Microfluidic synthesis offers a promising alternative for reducing chemical consumption; however, questions remain on how to perform such synthesis on a mass scale and furthermore, if PBs are of similar quality like those prepared via standard means.

Here we present a microfluidic stack reactor designed for an efficient and user-friendly mass synthesis of PBs onto planar substrates. This reactor, 3D printed via stereolithography, consists of repeating units that are easy to fabricate and when stacked together, create a single fluidic pathway connecting an adjustable number of substrates, enhancing polymerization efficiency by over 100-fold. We employed the stack reactors to synthesize various PB structures (homogenous, random copolymer, block copolymer) combining two monomers commonly used in biosensing known for their antifouling properties: zwitterionic poly(carboxybetaine methacrylamide) (pCBMAA) and non-ionic poly[N-(2-hydroxypropyl) methacrylamide] (pHPMAA). Characterization by IRRAS, ellipsometry, XPS, contact angle, and SPR, confirmed that PBs synthesized in stack reactors are comparable, if not superior, to those synthesized via standard SI-ATRP methods. These reactors are thus a promising tool for efficient, large-scale production of PB coatings and have potential for many applications.

Abstract
At the end of the La T`ene period and the beginning of the Roman period in the first century BC, society in Central
Europe underwent a significant transformation, which included notable changes in pottery production. This
transformation is often attributed to the collapse of the social structures of the La T`ene period and the arrival of a
new population. Pottery production, in particular, is generally considered to have undergone a complete
transformation.
However, previous studies on this transition have primarily focused on the stylistic analysis of shapes and
decorations, as illustrated by the pottery assemblage from Slepotice (Eastern Bohemia). In order to obtain
additional data on the transitional period, this study of pottery from Slepotice incorporates analyses of the
materials used and the manufacturing process through macroscopic observation, X-ray fluorescence analysis, and
thin-section analysis. These analyses provide new insights into the differences in pottery production and distribution
during the first century BC.
Our research indicates that while the transformation included the collapse of the La T`ene socioeconomic
network, it did not result in a complete break in the pottery production process.
Link: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2352409X25001051

Abstract
During the Late La Tène period in the first century BC, Central Europe witnessed significant shifts in
settlement structures and material culture. Understanding these changes necessitates an examination of
LT D1b phase settlements, particularly in Bohemia, where such sites are rare. This study extends beyond
conventional stylistic analysis of pottery, incorporating material and manufacturing perspectives to reveal
production organisation, distribution, and community interactions. Through a comprehensive examination
of the settlement pottery from the feature 27/1986 from Křinec using X-ray fluorescence, thin section analysis,
and computed tomography, we have gained a better understanding of the settlement’s position in the
regional socio-economic network within which ceramic vessels or raw materials were transported over distances
of more than 20 km. The presented approach offers a deeper comprehension of the La Tène period’s
end in Bohemia and underscores the value of multifaceted pottery research in archaeological studies.
Link: https://archeologickerozhledy.cz/index.php/ar/article/view/232

Tento článek shrnuje aktuální poznatky o Friedreichově ataxii (FA) a je afiliován k projektu GAUK č. 226423 (2023–2025). Poskytuje komplexní přehled patofyziologických mechanismů onemocnění, včetně role mitochondriálních dysfunkcí v jeho patogenezi. Detailně se věnuje klinickým projevům FA a současným terapeutickým možnostem, se zvláštním zaměřením na omaveloxolon, první léčbu specificky schválenou pro FA regulačními agenturami FDA a EMA. Článek zdůrazňuje důležitost longitudinálního sledování pacientů a potřebu dalšího výzkumu zaměřeného na hodnocení efektivity léčebných intervencí.

Článek je afiliován k předchozímu projektu GAUK č. 309121 (2021–2022), který se zaměřoval na analýzu mitochondriálních enzymů a dalších patofyziologických mechanismů Friedreichovy ataxie. Výsledky prezentované v článku vycházejí z dat a výzkumu realizovaného v rámci tohoto projektu. Součástí projektu byla také analýza předběžných výsledků neurofilament (NFL a pNFH) jako biomarkeru neurodegenerace. Na tento projekt navazuje aktuální projekt GAUK č. 226423 (2023–2025), který rozšiřuje výzkum o dlouhodobé sledování hladin NFL o tohoto onemocnění.

https://doi.org/10.1002/mame.202400460

Článek byl vydán v online časopisu specializujícím se na téma revolucí. Časopis nemá jednotlivé ročníky, vydává články kontinuálně. Časopis vydává články bez stránkování.
Odkaz na článek online: https://ageofrevolutions.com/2024/12/23/losers-in-history-charles-tilly-and-the-fates-of-the-defeated-in-revolutionary-change/

Study of pharmacokinetics and lymphatic transport of ivacaftor, a drug used for the treatment of cystic fibrosis.

Tento článok je hlavným výsledkom GAUKu 337821.

Calpain2 is a conventional member of the non-lysosomal calpain protease family that has been shown to affect the dynamics of focal and cell-cell adhesions by proteolyzing the components of adhesion complexes. Here, we inactivated calpain2 using CRISPR/Cas9 in epithelial MDCK cells. We show that depletion of calpain2 has multiple effects on cell morphology and function. Calpain2-depleted cells develop epithelial shape, however, they cover a smaller area, and cell clusters are more compact. Inactivation of calpain2 enhanced restoration of transepithelial electrical resistance after calcium switch, decreased cell migration, and delayed cell scattering induced by HGF/SF. In addition, calpain2 depletion prevented morphological changes induced by ERK2 overexpression. Interestingly, proteolysis of several calpain2 targets, including E-cadherin, β-catenin, talin, FAK, and paxillin, was not discernibly affected by calpain2 depletion. Taken together, these data suggest that calpain2 regulates the stability of cell-cell and cell-substratum adhesions indirectly without affecting the proteolysis of these adhesion complexes.

Quantitative phase imaging (QPI) is a powerful tool for label‐free visualisation of living cells. Here, we compare two QPI microscopes – the Telight Q‐Phase microscope and the Nanolive 3D Cell Explorer‐fluo microscope. Both systems provide unbiased information about cell morphology, such as individual cell dry mass, perimeter and area. The Q‐Phase microscope uses artefact‐free, coherence‐controlled holographic imaging technology to visualise cells in real time with minimal phototoxicity. The 3D Cell Explorer‐fluo employs laser‐based holotomography to reconstruct 3D images of living cells, visualising their internal structures and dynamics. Here, we analysed the strengths and limitations of both microscopes when examining two morphologically distinct cell lines – the cuboidal epithelial MDCK cells which form multicellular clusters and solitary growing Rat2 fibroblasts. We focus mainly on the ability of the devices to generate images suitable for single‐cell segmentation by the built‐in software, and we discuss the segmentation results and quantitative data generated from the segmented images. We show that both microscopes offer slightly different advantages, and the choice between them depends on the specific requirements and goals of the user.

Náš článek zabývající se modulací Paclitaxelem navozených změn na míšní úrovni s dedikací projektu GAUK byl přijat v recenzním řízení k publikování, a aktuálně čekáme na vydání příštího online čísla časopisu (očekává se v dubnu 2025). Bude to Volume 74, Issue 2. Proto ještě neznáme výsledné stránkování naší práce. Text přijatého manuskriptu i potvrzení o přijetí k publikaci přikládáme v příloze.

Miznerova B, Reissigova J, Vasa L, et al Virtual reality-based neuroproprioceptive physiotherapy in multiple sclerosis: a protocol for a double-arm randomised assessor-blinded controlled trial on upper extremity function, postural function and quality of life, with molecular and functional MRI assessment BMJ Open 2025;15:e088046. doi: 10.1136/bmjopen-2024-088046

Zveřejněno na adrese: https://plumas.occitanica.eu/1277. Redakce časopisu u tohoto výstupu upřesňuje strukturu a hierarchii týmu autorů a editorů, připojuji český překlad poznámky redakce: „Sestavil François Pic s přispěním Víta Pokorného a Bruna Lesfarguesa, upravili Marie-Jeanne Vernyová a Christian Lagarde za pomoci Françoise Bancarelové.“ Pořadí autorů uvádím v souladu s touto poznámkou.

Zveřejněno na adrese: https://plumas.occitanica.eu/1035. Rozhovor byl dříve vydán v českém překladu, v původním znění však nikoli. České znění vyšlo v měsíčníku PLAV (číslo 5–6/2013) a je dostupné také online na adrese: https://www.svetovka.cz/2013/05/05-2013-rozhovor/.

Zveřejněno na adrese: https://plumas.occitanica.eu/1092

Příspěvek byl odevzdán a aktuálně prochází recenzním řízením. V případě přijetí bude publikován v č. 36 časopisu Catalonia, vycházejícího na Sorbonně, v červenci 2025.

Zveřejněno na adrese: https://plumas.occitanica.eu/1275

Plné znění rozhovoru, obsahující dedikaci, dostupné z: https://www.ukforum.cz/rubriky/studenti/9369-okcitansky-se-pri-trose-stesti-stale-domluvite. Tištěná, krácená verze rozhovoru dostupná z: https://www.ukforum.cz/tistena-verze

https://doi.org/10.1186/s12933-024-02298-9

Během řešení projektu GAUK také vznikla publikace, kde je řešitelka prvním autorem, ve kterém je dedikace k projektu GAUK - Sodium-glucose cotransporter 2 inhibitors induce anti-inflammatory and anti-ferroptotic shift in epicardial adipose tissue of subjects with severe heart failure v časopise Cardiovascular Diabetology s IF 8,5, Q1.

http://dx.doi.org/10.14336/AD.2024.1100

Podpora GAUK vedla přímo ke vzniku publikace Targeting Mitochondrial Integrity as a New Senolytic Strategy v časopise Aging and Disease s IF 7,0, Q1 s dedikací na projekt GAUK, kde je hlavní řešitelka uvedena jako spoluautor.

Článek je dostupný online. Fyzicky bude publikován až v prosinci 2025 - Aging and Disease • Volume 16, Number 6, December 2025.

https://doi.org/10.61568/emi/11-6306/20240424/137082

Publikovaný článek Normativní prameny pro úřad zemského hejtmana v Opolsko-ratibořském knížectví v raném novověku vydaný v časopise Folia Historica Bohemica 39-1, 2024.

Článek zabývající se vývojem mechanické trombektomie pro léčbu akutní ischemické cévní mozkové příhody - článek je nyní čerstvě přijat k publikaci (potvrzení dorazilo 5.4.2025), tudíž "svazek (volume)", "počáteční stránku" a. "poslední stránku" zatím nemohu určit a proto do komentáře vyplňuji "NA" jako zatím "Not Avalable"). DOI/MS ID článku: 10.1080/14737175.2025.2490538 / ERN-2025--0011

All authors of the article are also members of the grant research team, through which they gained experience with PDX models.

Článek mapuje přístup k péči o dětské pacienty se získaným demyelinizačním syndromem CNS v České republice. Práce vznikla na základě široké spolupráce mezi pracovišti dětské neurologie a pediatrie na krajské úrovni. Cílový časopis byl zvolen s ohledem na relevanci prezentovaných dat především pro českou odbornou společnost.

This is a review article focusing on glial cells in remote brain areas affected by ischemia. It contains a dedication to GAUK. The contents of the article are closely related to the topic of this project.

As part of the natural progression of the project and due to the fulfillment of key objectives as well as the absence of significant phenotypic differences in the Lrrk1 KO model, a portion of the remaining funds was redirected to investigate another candidate protein with a potential role in T cell biology and TCR signaling. This shift remained well within the scope of the grant’s overall goals, which include elucidating molecular regulators of T cell function. Importantly, this work built directly on the methodologies and resources developed for the Lrrk1 project and ultimately led to a peer-reviewed publication, further advancing the scientific aims of the grant.

Spoluautorská publikace

The article directly addresses the objectives of the project. It is a complete review of the SmVAL family, focusing on the expression profiles of all genes across the life cycle and in the parasite egg. The paper also discusses the possible role of these proteins in the egg and their putative secretion into surrounding tissues. Based on the results, it is clear that SmVALs expressed by the S. mansoni egg are localized in the tissues of the developing miracidium, mainly in the penetrating glands, and thus likely serve to invade the intermediate snail host, which is supported by the lack of specific interactions with mammalian cell receptors.
The GAUK dedication is in the "Funding" section of the manuscript.

Recenze je přijata, přesné bibliografické údaje mi nejsou známy.

Článek je nyní v recenzním řízení.

Recenze na svazek, v němž bylo prvně publikováno několik nových raně křesťanských fragmentů, které svědčí o recepci synoptických evangelií již ve 2. století.
Recenze byla přijata, ale přesné citační údaje mi nejsou zatím známy.

Studie je zaslána redakci, přesné bibliografické údaje mi nejsou známy.

Ve studii navrhuji typologii sebepochopení autorů, kteří usilovali o vytvoření věrohodného textu, a ukazuji, jak se v závislosti na tomto sebepochopení mění literární strategie, které daný autor používá k vytvoření věrohodnosti. Protože mě v závěru studie zajímá, do jaké kategorie autorů spadají evangelisté, typologie je utvořena tak, aby reflektovala doložená sebepochopení v 1. až 2. století n. l. Autory třídím do tří typů na základě čtyř kritérií: situování prostředků pro utvoření věrohodnosti, tlak na posluchače, autorova role ve vytvoření narativu a použitý žánr. V typologii se dynamicky mění umístění prostředků, s nimiž je utvářena věrohodnost textu (uvnitř textu > mimo text v osobě > mimo text v neověřitelném pramenu), v důsledku čehož se mění nároky na publikum a vztah mezi ním a autorem (symetrický vs asymetrický). V případě prvního typu autorství je vztah relativně symetrický, neb na publikum je kladen kontinuální tlak a publikum má relativní přehled o tom, z čeho autor čerpá, popř. co jsou problematické aspekty textu, v čem se odchyluje od jiných známých autorů. Věrohodnost je tak v textu kontinuálně budována a vychází ze série rozhodnutí čtenáře. Takovou možnost volby nemá čtenář literatury, která pochází od „respektovaného autora“, který neposkytuje kontinuálně argumenty, proč je jeho text věrohodný. Vztah mezi ním a publikem je tak asymetrický a mocenský. Zdroj věrohodnosti textu se nachází v samotném autorovi, jehož autoritu musí publikum dopředu akceptovat. Podobně jednorázově tvoří autoritu a věrohodnost textu „prostředníci“, jejichž texty rovněž vyžadují, aby publikum jednorázově přijalo tvrzení o původu textu, který je zpravidla neověřitelný.

Článek je přijat do časopisu; přesné citační údaje mi však nejsou známy. Předpokládaný rok vydání je však rok 2025.

V této studii představuji méně často diskutovanou pasáž Mk 3,14/6-14,
a pomocí genealogické metody založené na koherenci zvažuji, která z jejích dochovaných
variant je původní částí textu. Protože tato metoda je relativně nová a existuje o ní
omezené množství sekundární literatury (byť s ní je utvářena Editio Critica Maior), představuji tuto metodu českým čtenářům. Pokud vím, jedná se o první český text představující tuto metodu. Verš Mk
3,14/6-14 se dochoval v deseti variantách, které rozděluji na kratší a delší čtení.
Ve verši Ježíš určuje Dvanáct učedníků a podle svědků s delším čtením Ježíš tuto skupinu nazývá apoštoly. Kratší čtení, v němž Ježíš členy Dvanácti apoštoly nenazývá, je doloženo většinou svědků . Argumentuji ve prospěch původnosti kratšího čtení.

Co-authored publication.

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) main protease (Mpro) autocatalytically releases itself out of the viral polyprotein to form a fully active mature dimer in a manner that is not fully understood. Here, we introduce several tools to help elucidate differences between cis (intramolecular) and trans (intermolecular) proteolytic processing and to evaluate inhibition of precursor Mpro. We found that many mutations at the P1 position of the N-terminal autoprocessing site do not block cis autoprocessing but do inhibit trans processing. Notably, substituting the WT glutamine at the P1 position with isoleucine retains Mpro in an unprocessed precursor form that can be purified and further studied. We also developed a cell-based reporter assay suitable for compound library screening and evaluation in HEK293T cells. This assay can detect both overall Mpro inhibition and the fraction of uncleaved precursor form of Mpro through separable fluorescent signals. We observed that inhibitory compounds preferentially block mature Mpro. Bofutrelvir and a novel compound designed in-house showed the lowest selectivity between precursor and mature Mpro, indicating that inhibition of both forms may be possible. Additionally, we observed positive modulation of precursor activity at low concentrations of inhibitors. Our findings help expand understanding of the SARS-CoV-2 viral life cycle and may facilitate development of strategies to target precursor form of Mpro for inhibition or premature activation of Mpro.

Indexováno ve Scopus

V časopise je sice uveden ročník 2023, ve skutečnosti ale toto číslo vyšlo až v roce 2024.

Článek je ve stadiu přijetí k publikaci.

Článek je již vydaný, ale nemá přidělený svazek a číslo. Je k nalezení zde: https://www.degruyterbrill.com/document/doi/10.1515/multi-2024-0146/html. Od editorky mám příslib, že vyjde ve svazku 44, číslo 4 (viz příloha E-mail od editorky se schválením článku). U paginace (počáteční-poslední stránka) vycházím z číslování stránek u svazků číslo 4 z předešlých let (viz zde: https://www.degruyter.com/journal/key/mult/html?lang=en#issues). Ve stejném svazku by totiž měl můj článek vyjít.

V přílohách jsou následující soubory:
1) E-mail od editorky, kde článek schvaluje. Pro přesnost - název článku jsem posléze měnil, a změna mi byla schválena.

2) Finální verze článku, kterou mám dovoleno sdílet. Kopii článku s "hlavičkou" s informacemi vydavatele nesmím dle jeho pravidel sdílet veřejně.

Přehledový článek o využití eye-trackingu ve výuce přírodních věd. Článek v časopise s IF (Q1) je přijat k tisku. Vzhledem k délce řízení dispozici máme zatím pouze acceptance letter (viz přílohu).

Publikace From Infancy to Toddlerhood: A 3D Analysis of Facial Asymmetry in Children with and without Orofacial Clefts (v recenzním řízení, Clinical Oral Investigations).

Původní studie publikovaná v časopise Central European Cultures

Studie věnovaná srovnání Lukácsovy teorie realismu s kritikou realismu v teoriích ruských formalistů.

Co-authored journal article, unfortunately without dedication to the grant project, due to communication problems and other circumstances.

Hlavní výstup projektu.

V roce 2024 jsem změnila příjmení ze Svobodová na Klegr a článek vyšel již pod mým novým jménem.

doi: https://doi.org/10.1016/j.sleep.2025.02.019

s dedikací GAUK a afiliací 1. LF UK

Sleep medicine je v Q1 (první kvartil)

doi: https://doi.org/10.14712/23362936.2024.26
bez dedikace GAUK

doi: https://doi.org/10.1111/jsr.14098

bez dedikace GAUK

Článek byl vytvořen ve spolupráci s klubem FC Tempo, jehož hráči tvoří probandy ve výzkumu tohoto projektu. Pro tvorbu článku bylo využito know-how spojené s předchozím měřením probandů v oblasti agility, které bylo následně aplikováno na kategorii mladších žáků. Jedná se tedy o dílčí využití znalostí a praktických dovedností získaných měřením mužských kategorií, na něž byly poskytnuty finanční prostředky projektu GA UK.

Publikace je nyní v tisku, v příloze přikládám preprint.

A paper conclusively proving the connection between thermodynamics of spacetime and Weyl transverse gravity. In the context of the project, it serves to provide broader theoretical support to the approach to gravitational dynamics we consider.

Článek zpracovává dílčí výzkumný výstup týkající se problematiky opakovaného zrušení rozsudku a vrácení věci soudu prvního stupně odvolacím soudem v trestním řízení. Jedná se o jeden z problémů identifikovaných v rámci vytvořené typologie průtahů v řízení.

Vybraná data byla opublikována v časopise Metabolism, kde je hlavní řešitelka Mgr. Štěpánka Benáková spoluautorkou a vedoucí projektu RNDr. Lydie Plecitá-Hlavatá, Ph.D. korespondenční autorkou.

Článek shrnuje nejdůležitější výsledky radiokarbonového datování v regionu na příkladu dvou specifických staveb z lokality Hostivice-Sadová.

Článek zaměřený na nové poznatky týkající se změn v expresi a aktivitě vybraných antioxidačních a biotransformačních enzymů, které dosud nebyly v souvislosti s MASLD (dříve NAFLD) intenzivně zkoumány, a také změn exprese genů zapojených do lipidového metabolismu, miRNAs a genů souvisejících s epigenetickou regulací byl publikován v prestižním časopisu Antioxidants (IF: 6.0 Q1, AIS: 1.012 Q2).

Paper originálně řeší téma použití testu proporcionality v soukromém právu, čímž rozvíjí komentovanou monografii. Článek čerpá z letní školy ve Fiesole, jak je v něm explicitně uvedeno.

Přehledový článek shrnuje a kriticky hodnotí separační metody používané k analýze boswellových kyselin v různých matricích.

Publikace s výsledky experimentální práce.
https://doi.org/10.1016/j.talanta.2025.128112

Spoluautorský článek zabývající se zpracováním informací ve ventrálním vizuálním streamu v úlohách na prostorovou orientaci. Mezi tímto článkem a chystanou prvoautorskou publikací je výrazný překryv v oblastech zájmu (zejména oblasti temporálního a parietálního laloku), což hodláme využít při porovnání dat z obou projektů v budoucnosti, a také v kohortě pacientů s intrakraniálním EEG. Vzhledem k významnému metodologickému překryvu byl tento článek podpořen (mj.) 2 GAUK projekty, z nichž každý má nicméně svou specifickou a komplementární roli. Na projektu jsem se podílela sběrem dat (testováním pacientů), anatomickou lokalizací intrakraniáklních kontaktů, interpretací výsledků a editací textu manuskriptu.

Spoluautorský článek popisující změny při přepínání vnitřní a vnější pozorností pomocí analýzy signálu intrakraniálního EEG. V této publikaci jsme implementovali analýzy funkční konektivity, kterou dále využíváme i v projektu numerické kognice. Na článku jsem se podílela přípravou testovacícho paradigma, sběrem dat, zpracováním a analýzou dat, editací textu. Testované subjekty a metodika se velmi výrazně překrývají s chystaným prvoautorským článkem.

V článku je dedikace tomuto projektu.

Správní orgán obecně není oprávněn sám posoudit soulad podzákonného předpisu se zákonem, což se vyvozuje především z čl. 95 odst. 1 Ústavy. Dle některých názorů k tomu není oprávněn nikdy; tento článek se však snaží poskytnout podklad pro vyloučení vázanosti správního orgánu podzákonnými předpisy v některých případech. První část článku obsahuje základní teze týkající se hierarchie práva a souladnosti právních předpisů, druhá část shrnuje dosavadní diskuzi k vázanosti správního orgánu podzákonnými předpisy. Třetí část se zabývá historickými kořeny zkoumané zásady, a to pohledem na relevantní ústavní předpisy, doktrínu a dobovou praxi. Čtvrtá část předkládá možnosti, jak se vyrovnat s možnými nežádoucími důsledky absolutní vázanosti právními předpisy. Rozebírá jednak závaznost soudních rozhodnutí, která neaplikovala nezákonný předpis, jednak možnost dovození implicitní pravomoci v případě přímého a jednoznačného rozporu zákona a podzákonného předpisu. Konečně pátá část uvažuje nad mantinely pro zákonnou úpravu, která by mohla konkretizovat pravomoc správních orgánů, pokud jde o posuzování zákonnosti aplikovaných předpisů. Upozorňuje též na případy v pozitivní právní úpravě, které umožňují všem orgánům veřejné moci posuzovat souladnost některých podzákonných předpisů jinou cestou.

Článek pro časopis Vesmír byl napsán se spoluautorem Svatoplukem Civišem, který doplnil mou antropologickou část o chemickou, aby byl obraz o celém tématu komplexně uchopen.

Článek se zabývá tím, jak je Kambo součástí loveckých praktik a jeho výjimečností v přírodě.

Článek pro časopis Axis Mundi byl podán a akceptován již v roce 2023, ale časopis měl problém s financováním a proto toto číslo časopisu vyšlo až v roce 2024, přestože je na přebalu číslo ročníku 2023.

OBD 657916, URL: https://www.acecs.cz/media/cu_2023_13_02_michalcova.pdf

Výsledky z projektu byly publikovány v mezinárodním časopise: Kozisek, J., Hrncirova, J., Slouf, M., & Sloufova, I. (2024). Plasmon-driven substitution of 4–mercaptophenylboronic acid to 4-nitrothiophenol monitored by surface-enhanced Raman spectroscopy. Spectrochim. Acta A Mol. Biomol. Spectrosc., 124523. https://doi.org/10.1016/j.saa.2024.124523.

Kolektiv autorů je tvořen:
Matej Horvath, Adam Schrofel, Karolina Kowalska, Jan Sabo, Jonas Vlasak, Farahdokht Nourisanami, Margarita Sobol, Daniel Pinkas, Krystof Knapp, Nicola Koupilova, Jiri Novacek, Vaclav Veverka, Zdenek Lansky & Daniel Rozbesky

Na článku jsem se podílela optimilizací exprese proteinů MICAL (MICAL1, MICAL MO, optimalizací podmínek na cryo-elektronové měření, příprava proteinů a měření pomocí metody MALS). A dále optimalizací exprese a purifikace proteinu Rab8a

DOI: https://doi.org/10.1080/20964471.2025.2459300

Dostupné na stránkách časopisu: https://www.geograficke-rozhledy.cz/archiv/170

Zdarma dostupné na ResearchGate: https://www.researchgate.net/publication/380433701_Druzicova_data_v_rozvojove_pomoci_a_ochrane_prirody_v_Zambii_Satellite_data_in_development_aid_and_nature_conservation_in_Zambia

DOI: https://doi.org/10.14712/23361980.2024.18

DOI: https://doi.org/10.1109/JSTARS.2024.3427382

Jedná se o v loňské zprávě avizovaný článek, který byl vydán po obou kladných recenzních posudcích. Zabývá se jednou z kategorií členů Panské sněmovny, církevními virilisty

Revue církevního práva je recenzovaný odborný časopis uvedený v Seznamu recenzovaných neimpaktovaných periodik vydávaných v České republice vyhlášeném Radou pro výzkum, vývoj a inovace vlády České republiky. Je zařazena do mezinárodní citační databáze Web of Science, databáze odborných časopisů ERIH PLUS (European Reference Index for the Humanities and the Social Sciences), Central and Eastern European Online Library (CEEOL) a Index to Foreign Legal Periodicals.

Up to date methodological review of broad variety of approaches to protein lipid interaction among plants and other species.

Q1 Journal - Sport Sciences
DOI: 10.3390/jfmk10010083
Open acces

Byl publikován přehledový článek „The role of small extracellular vesicles and microRNA as their cargo in the spinal cord injury pathophysiology and therapy, zabývající se tématem malých extracelulárních vesiklů a jejich současného využití v terapii patologií centrálního nervového systému, se zaměřením na vesikly dovozené od mesenchymálních a neurálních kmenových buněk.

Publikováno online 23.10.2024
doi: 10.1016/j.aca.2024.343362

Publikace shrnuje vývoj a optimalizaci UHPLC-MS/MS metody, možnosti využití post-kolonové infuze pro tuto aplikaci, vývoj a optimalizaci metod přípravy vzorku, shrnuje a popisuje výsledky validace metody s použitím myší a potkaní plasmy.

The IF has not been evaluated yet.

Tato studie tvoří klíčové teoretické i empirické východisko pro řešený projekt zaměřený na vyučující 1. stupně ZŠ. Studie byla připravena ve spolupráci s prof. A. DiSessou (University of California, Berkeley), přední autoritou v oblasti výzkumu prekoncepcí a zakladatelem teorie Knowledge in Pieces, z níž projekt přímo vychází. Studie nabízí hlubší porozumění tomu, jak děti různého věku chápou principy fungování internetu, a ukazuje, jak lze jejich intuitivní představy cíleně rozvíjet. Článek byl publikován v prestižním mezinárodním časopise Computers in Human Behavior (Q1 dle WoS).

The article focuses on the community-building aspects of alternative far-right social media space. Building a model of identity via a superiority complex, with the community at the centre, provides a profound framework for the userbase to formulate their connections with one another. This modelling has repercusions not only for the behavioural dynamics on the platform, but also in the potential violent manifestation that comes from identity fusion. This article is published online first, and will receive the volume/issue number early next year.

DOI:10.1016/j.matchar.2024.114182

This article is methodically related to the aims of the project.

https://doi.org/10.1080/21567689.2024.2401780

https://doi.org/10.63161/so.v8i8.5999

https://doi.org/10.1080/2040350X.2024.2425492

Dle poskytnutých informací byl článek přijat do tisku a jeho publikace je plánována v časopise Verba Theologica v roce 2026.

The paper has been accepted but not yet published. A preprint is available at arXiv: https://arxiv.org/abs/2409.05906

Tato publikace vznikla v rámci spolupráce s Univerzitou Groningen (dohoda cotutelle).
Publikace se věnuje vývoji metod pro odstraňování šumu při rekonstrukci rychlostního pole z 4D PC-MRI dat. Tyto metody jsou nezbytné pro získání kvalitních reálných dat, z nichž bude možné rekonstruovat wall shear stress.

Po rozšiřujícím hands on trainingu na konferenci IUPAB 2024 v Japonsku jsem byla oslovena se žádostí o report z této akce, který následně bude opublikován. Nejde tak o klasický vědecký článek, ale o komentář (je publikován ve speciálním čísle v sekci Commentary and Perspective)

Tento článok vznikol ako hlavný výstup projektu GAUK č. 496122 a bol publikovaný v časopise Alzheimer’s Research & Therapy. Štúdia sa zamerala na využitie neurogranínu (Ng) v mozgomiechovom moku (CSF) ako potenciálneho biomarkeru na rozlíšenie Alzheimerovej choroby (AD) a frontotemporálnej lobárnej degenerácie (FTLD).

Do štúdie bolo zaradených 263 účastníkov z Czech Brain Aging Study – vrátane pacientov s miernou kognitívnou poruchou a demenciou pri AD, FTLD, ako aj subjektívnym kognitívnym poklesom (SCD). Cieľom bolo vyhodnotiť diskriminačnú schopnosť hladín CSF Ng medzi diagnózami a ich štádiami, vzťah medzi Ng a pamäťovými schopnosťami a súvislosť s APOE polymorfizmom.

Výsledky ukázali, že hladiny Ng boli významne vyššie u pacientov s amnestickou MCI a demenciou pri AD v porovnaní s FTLD. Výraznejšie rozdiely boli pozorované najmä medzi skorými štádiami ochorení. Pomery Aβ1-42/Ng lepšie odlíšili AD od FTLD než samotný Ng. Naopak, hladiny Ng nevykazovali štatisticky významný vzťah s pamäťovými skóre alebo genotypom APOE.

Článok naznačuje, že CSF Ng je sľubný biomarker pre včasné štádiá AD, jeho výpovedná hodnota sa však v pokročilých štádiách znižuje, keď sa biologické procesy AD a FTLD začínajú zbiehať. Mgr. Vanesa Jurášová ako hlavná riešiteľka projektu zohrala kľúčovú úlohu pri spracovaní a analýze dát počas zahraničnej stáže na Arizona State University pod vedením prof. Rossa Andela. Výsledky boli prezentované formou posteru na konferencii AAIC 2024 vo Philadelphii a na Vedeckej konferencii 2. LF UK.

Publikácia priamo vychádza z cieľov GAUK projektu a prispieva k lepšiemu pochopeniu diferenciálnej diagnostiky medzi AD a FTLD pomocou biofluidných biomarkerov.

Tento článok vznikol ako ďalší z výstupov projektu GAUK č. 496122 a bol publikovaný v časopise Journal of Alzheimer’s Disease. Štúdia sa zamerala na genetický polymorfizmus v géne KIBRA (rs17070145) a jeho súvislosť s rizikom Alzheimerovej choroby (AD) a výkonom pamäti. Cieľom bolo analyzovať prítomnosť T alely v porovnaní s genotypom CC a zároveň zohľadniť vplyv ďalších známych genetických rizikových faktorov – APOE ε4 a BDNF Met.

Do štúdie bolo zaradených 155 účastníkov z Czech Brain Aging Study: 19 kognitívne zdravých, 99 s amnestickou MCI (aMCI) pri AD a 37 s demenciou pri AD. Pomocou logistických regresných modelov bolo preukázané, že prítomnosť T alely v géne KIBRA je spojená so zvýšeným rizikom AD demencie (OR = 5,98; p = 0,012). U APOE ε4 negatívnych osôb bolo toto riziko ešte vyššie – až 15,75-násobne. U nosičov alely BDNF Met bola T alela KIBRA spojená s vyšším rizikom demencie a zároveň s lepším pamäťovým výkonom (β = 1,21; p = 0,027).

Tieto výsledky naznačujú, že T alela KIBRA nemusí úplne chrániť pred rozvojom AD demencie, ale môže spomaliť progresiu kognitívneho úpadku po stanovení diagnózy. Ide o dôležitý poznatok pri výskume genetických faktorov ovplyvňujúcich priebeh ochorenia.

Mgr. Vanesa Jurášová, hlavná riešiteľka projektu, sa na článku podieľala ako prvá autorka. Výskum a analýza dát prebiehali v spolupráci s prof. Rossom Andelom počas zahraničnej stáže na Arizona State University. Článok taktiež nadväzuje na ciele projektu, dopĺňa predchádzajúce biomarkerové analýzy o genetický kontext a posilňuje význam multidimenzionálneho prístupu k diagnostike a porozumeniu AD.

https://academic.oup.com/imajna/advance-article/doi/10.1093/imanum/drae013/7668414?utm_source=advanceaccess&utm_campaign=imajna&utm_medium=email#452440013

https://link.springer.com/article/10.1007/s10915-024-02650-x#citeas

D1 časopis

oborový D1 časopis

Článek v populárně-naučném časopise Přírodovědci obecně o komunitním mapování v jazyce pro laickou veřejnost a žáky/studenty zajímající se o přírodní vědy. (Obsahuje afiliaci PřF UK a dedikaci GA UK projektu).

Dostupné z: https://www.prirodovedci.cz/templates/modules/magazin/mobile/web/viewer.php?hash=NDE3L3ByaXJvZG92ZWRjaS0yMDI0LTAzLXdlYi0wMS5wZGY=

The main publication of the project, which contains its most important results.

Vloženo dodatečně GA UK

Tento článek byl publikován v roce 2024 a hlavní řešitelka (Mgr. Anna Hronová) je spoluautorkou tohoto článku. Publikace je dedikována GAUK č. 377821.

Abstract: The intersection of personal experiences, political contexts, and feminist activism are explored in this qualitative study of Polish migrant women activists. Informed by the author’s own personal solidarity story and connections with the Polish activist community abroad, the study examines the emotions and affective dimensions of activism amidst the political uncertainties that preceded the October 2023 elections in Poland. Grounded in Claire Hemmings’ (2012) concept of affective dissonance, the analysis explores how emotions propel political transformation and shape activist identities. In-depth interviews reveal the enduring presence of feminist identity among Polish migrant women activists and their persistent feminist activism and identity, despite the challenges and transitions they have experienced, such as migration. By acknowledging subjectivity and positionality, the research underscores the importance of understanding the emotional dimensions of activism and the role of affective solidarity in driving collective action (Hemmings 2012; Ahmed 2015). The study contributes to the broader discourse on feminist activism, migration, and affective politics, offering insights into the lived experiences and emotional landscapes of Polish migrant women activists.
Keywords: activism, identity, migration

Publikace detailně zkoumá dynamiku spinových proudů ve spintronických emitorech THz záření, na jejichž principu jsou vystavěny všechny plánované THz emisní experimenty v rámci tohoto projektu. Ačkoli se tedy nejedná přímo o výzkum magneticky kompenzovaných materiálů, jde o významný posun v porozumění samotného nástroje, který využíváme a tudíž má publikace rovněž zásadní význam v rámci plnění tohoto projektu.

The work is focused on (Middle Jurassic) Aalenian Flora of the Kansk Coal Basin, uncovering palaeoecological aspects of the flora an that time. The main part of the article is concentrated on epidermal analyses of leaf fragments and analyses of dispersed cuticles.

Přehledový článek přijatý do tisku v časopise Advances in Microbial Physiology, dostupný online:
https://doi.org/10.1016/bs.ampbs.2024.10.001

Under peer review

Societal norms, including taboos and shame, shape the menstrual experiences of married Muslim women in Hyderabad, India. This study explores their active engagement in understanding and sharing menstrual knowledge, challenging narratives that portray women as lacking agency. Through qualitative interviews with 20 participants, the research investigates how religious, cultural, and social factors influence their menstrual experiences. Key findings reveal that early and coerced motherhood following menarche affects their social status and well-being. The study highlights the need for community-level interventions to combat child marriage and advocates for a life-span approach to improve reproductive health outcomes.

Article submitted in 2023 and published in February 2024 after double blind peer-review and thorough editing.

In this paper, a coupled thermo-hydro-mechanical hypolastic constitutive model for monotonic and cyclic loading is presented. The model accounts for suction and temperature effects at small and large strains. Additionally, coupled effects are incorporated based on a water retention curve defined to be dependent on temperature and void ratio. The constitutive model was validated under element tests simulations of monotonic and cyclic mechanical loading tests under temperature- and suction- controlled conditions, as well as experiments under heating and cooling cycles. Accurate predictions were observed when compared to experimental results.

In this article, a coupled hydro-mechanical hypoplastic constitutive model for unsaturated fine-grained soils under monotonic and cyclic loading was proposed. The model was validated using experimental data on a completely decomposed tuff subjected to monotonic and cyclic loading at different suction magnitudes. It was observed that the constituive model accurately reproduces the behaviour of fine-grained soils under monotonic and cyclic loading under partially saturated conditions.

V době podávání závěrečné zprávy projektu byla redakci kritická recenze knihy Language and Security: The Language of Securitization in Contemporary Slovak Public Discourse (Dulebová, Štefančík, Cingerová, 2024) zaslána finální verze textu a redakce jej plánuje zařadit do třetího či čtvrtého letošního vydání časopisu, tj. v druhé polovině roku 2025. Z tohoto důvodu není nyní k dispozici tisková verze recenze a k této zprávě je přiložen pouze vyexportovaný PDF soubor z netiskové verze.

Článek obsahuje poděkování projektu GAUK. V databázi NASA Astrophysics Data System vykazuje článek dosud 3 citace.

Projekt GAUK je uveden v poděkování. Podle databáze NASA Astrophysics Data System článek už získal 9 citací. Článek vznikl v mezinárodní spolupráci bez přímé účasti školitele a tudíž jej považuji za důležitý krok v Camillině cestě k vědecké nezávislosti umožněný právě
projektem GAUK.

The results of mRNA sequencing data from the same sample set, presented as a poster at the ESMO Gastrointestinal Cancer Congress held in Munich, are published in the Annals of Oncology, Volume 35. Highlights of our findings include: a) The differential expression analysis of mCLM identified dysregulation in various genes, such as HOXA1, MUC2, MISP, CFB, MT1B, and SULT1E1 when comparing with the non-malignant liver tissue. b)The Gene set enrichment (GSEA) of the deregulated genes indicated that these genes are significantly associated with extracellular matrix organization, skeletal development, and glycosaminoglycan binding pathways.

The principal researcher, B. Park, has contributed to the review of the manuscript, and adivsed to the part of turbulence properties (power spectral density).

The Belvedere glacier is an intensively studied glacier in the Italian Alps on the east face of the Monte Rosa, which is currently undergoing a fast deglaciation connected to various slope failures and Glacial Lake Outburst Floods. Since 2000, more attention has been paid to this area due to the occurrence of large mass movements and a surge-type event. In this review, research articles and various reports dealing mainly with glacier dynamics, rock and ice avalanches, Glacial Lake Outburst Floods, and other hazardous processes were considered.

The review was completed in collaboration with the partner 4EU+ universities- University of Milan and Heidelberg.

Belvedere glacier was taken as a test study site for the methodology of the project on the suggestion of the reviewers in the first year.

The equilibrium line altitude (ELA) serves as an indicator of the mass balance of glaciers. The evolution of the ELA of four major glaciers in the Monte Rosa (European Alps) massif was investigated in this study. We used Sentinel-2 satellite images to derive the end-of-summer snowline altitude (SLA) as an approximation of ELA considering the fluctuations in the snowline at the end of the
ablation season (from August to mid-October in 2016–2023). SLA was estimated as a percentile of the histogram of the DEM of each glacier with the applied snow-mask, based on the normalised difference snow index (NDSI). ELA was determined as the maximum snowline elevation reached in the season.

The ELA delineation methodology was tested and published on the Monte Rosa (test study site) and was then applied to the study area proposed in the project- Central Caucasus to be used as a threshold for the Hanging glaciers in the region.

This research was published in Applied Economics with a dedication to GAUK. "The research was funded by Charles University, project GA UK No. 152222". The impact factor is 1.8 in 2023 and 5-year IF (2023) is 2.2

Mozambique is a country with cultural segregation along its rivers, dividing the main ethnic groups of the
Machangana, Macena, and Macua, respectively, from the South, Centre, and North. This division has led to internal conflicts,
seemingly rooted in ethnicity. The aim of this study is to analyse the tolerance of the main ethnic groups in Mozambique in terms
of cohabitation, sharing opportunities, and political power. The study utilizes participant observation in the field, group discussions,
and a questionnaire targeting 150 respondents, with 50 in each ethnic group. The data were analytically crosschecked to compare
the opinions of people from different ethnic groups. The responses from the questionnaire were analysed statistically to understand
the level of tolerance among the ethnic groups and their perceptions of sharing opportunities and political power. In conclusion,
people in Mozambique are generally tolerant of cohabiting or marrying individuals from different ethnic groups. However, when it
comes to sharing opportunities such as employment or business, they perceive individuals from different ethnic groups to be taking
away opportunities. Similarly, each ethnic group believes that having a president from their own group would lead to better
opportunities for their community. It is important to address this intolerance, as it can be a source of internal political conflicts. The
anthropological approach provides a valuable tool for diplomacy channels to ensure long-lasting peace.

KEYWORDS: Cohabitation, Ethnicities, Mozambique, Political Conflicts, Tolerance.

Publikovaný text.

We have successfully published a paper entitled “RIP-seq reveals RNAs that interact with RNA polymerase and the primary sigma factor in bacteria”, which also focus on mycobacterial transcription in M. smegmatis and M. tuberculosis in Nucleic Acids Research Journal. I am a shared first author of this publication and both GAUK acknowledgment and affiliation to the Faculty of Science are included.

Research article in which principal researcher Ylä-Mella and co-researcher Jansen were part of.

V článku sme demonštrovali, že start-stop elementy v kvasinkách nefungujú na rovnakej báze ako v savčích bunkách. Zatiaľ čo v savcích je reiniciácia za start-stop elementami dependentná na heterodiméri DENR/MCTS1 a eIF2D (faktory fungujúce v recyklácií 40S podjednotky ribozómu), v kvasinkách sme nenašli žiadnu dependenciu na ortológoch Tma22/Tma20 a Tma64.

Okrem toho sme ukázali ďalšie mechanizmy funkcie Tma 20/22/64 faktorov, ktoré síce inhibujú reiniciáciu po krátkych uORF elementoch, ale nie spôsobom, ktorý by bol závislý na Tma funkcií v hromadnej 40S recyklácií.

Přehledový článek

Studie popisující účinnost nového 18-členného makrocyklického tetraacetátového ligandu (H4PYTA) při rychlé rozpouštění barytových usazenin, tj. BaSO4 vytvořená nad rámec projektu.

Systematic review is in press. Volume and pages are filled based on Proof sheet (see attachements Document 12, Document 14, Document 15)

Odborný článok, pôvodne prezentovaný na odbornej konferencii "Literáti v službe propagandy" dňa 5. 9. 2023 na pôde Univerzity Konštantína Filozofa v Nitre, neskôr publikovaný v roku 2024 v odbornom časopise Litikon.

Článek se věnuje životě a díle překladatele Ivana Bureše, který významně přispěl k propagaci antické kultury a zpřístupnění římské literatury v překladu. Popisuje Burešův vztah k antické kultuře, jeho překladatelskou metodu a dobovou recepci překladů. Stručně nastiňuje, jaký byl osud Burešových překladů po jeho smrti.

Článek se zabývá analýzou revidovaných vydání překladů Ovidiových děl Umění milovati a Proměny. Na základě dobových pramenů popisuje okolnosti vedoucí ke vzniku revidovaných vydání a zamýšlený smysl revizí. Analýza textu pomocí statistických metod ukazuje, jaké množství textu bylo v Burešových překladech revizí změněno, a jaké množství textu použitého v revizi pochází z dalších publikovaných překladů. Článek vysvětluje, proč povaha a rozsah úprav, absence vysvětlení jejich smyslu a především to, že v některých vydáních údaj o revizi úplně chybí, původní dílo Ivana Bureše poškozuje a vytváří o něm mylnou představu. Revize Burešových překladů jsou zasazeny do širšího kontextu revidování překladů a využívání existujících překladů pro vznik nového.

I am the shared first author in this publication

The paper reports the results of Small-angle polarized nautron scattering on a serie of Mn-doped Cobalt Ferrite spherical nanoparticles and correlate the chemical composition of the nanoparticles with the anisotropy contributions to the total magnetic anisotropy. The team used these nanoparticles as core for the core@shell samples.

This paper investigate the possible application of a cubic cobalt ferrite sample in magnetic hyperthermia. Thus, the paper reports heating release experiments, cytotoxicity and biocompatibility studies. Thge sample under study showed good magneto-thermal response, low cytotoxicity and high biocompatibility, and thus is a promising sample for biomedical applications. The sample was used for the synthesis of the core@shell particles.

As the second author of this study untitled "Streamlining NMR Chemical Shift Predictions for Intrinsically Disordered Proteins: Design of Ensembles with Dimensionality Reduction and Clustering", contributions were made to advance the prediction of NMR chemical shifts for intrinsically disordered proteins. This article was published in the Journal of Chemical Information and Modeling in 2024. The work explored novel approaches combining dimensionality reduction and clustering for the design of conformational ensembles. The results highlight the importance of feature selection and methods for accurate prediction of NMR properties.

In 2024, we published this study in Toxicology (IF 4.8, Q1) titled "Cannabidiol Disrupts Tryptophan Metabolism in the Human Term Placenta". Our findings indicate that CBD significantly alters key metabolic pathways, including the serotonin and kynurenine pathways, which play crucial roles in fetal development. By downregulating serotonin transporter expression and modifying enzymatic activity, CBD may disrupt the delicate balance of tryptophan metabolism, potentially affecting fetal health. These results contribute to the growing body of knowledge on the impact of cannabinoids during pregnancy. GAUK support was acknowledged in the article.

We published a systematic review in Drug and Alcohol Dependence (Impact Factor 3.9, Q1) titled "Effects of Prenatal Cannabinoid Use on the Monoamine System in the Fetoplacental Unit: A Systematic Review of Animal and Human Studies." This work highlighted a critical gap in understanding the effects of prenatal cannabis exposure on the placental MAS.

The results generated within the framework of this project contributed to the publication entitled “BBSome-deficient cells activate intraciliary CDC42 to trigger actin-dependent ciliary ectocytosis”, published in the international peer-reviewed journal EMBO Reports. In the article, the project outcomes were presented, funding from the Charles University Grant Agency was acknowledged, and the authors' affiliation with Charles University and its respective faculty was stated.

Bardet-Biedl syndrome (BBS) is a pleiotropic ciliopathy caused by dysfunction of the BBSome, a cargo adaptor essential for export of transmembrane receptors from cilia. Although actin-dependent ectocytosis has been proposed to compensate defective cargo retrieval, its molecular basis remains unclear, especially in relation to BBS pathology. In this study, we investigated how actin polymerization and ectocytosis are regulated within the cilium. Our findings reveal that ciliary CDC42, a RHO-family GTPase triggers in situ actin polymerization, ciliary ectocytosis, and cilia shortening in BBSome-deficient cells. Activation of the Sonic Hedgehog pathway further enhances CDC42 activity specifically in BBSome-deficient cilia. Inhibition of CDC42 in BBSome-deficient cells decreases the frequency and duration of ciliary actin polymerization events, causing buildup of G protein coupled receptor 161 (GPR161) in bulges along the axoneme during Sonic Hedgehog signaling. Overall, our study identifies CDC42 as a key trigger of ciliary ectocytosis. Hyperactive ciliary CDC42 and ectocytosis and the resulting loss of ciliary material might contribute to BBS disease severity.

Provided here is the information of the article, which was funded by the GAUK and published in Oncogene on 05.09.2024.

DOI
https://doi.org/10.1038/s41388-024-03149-3

We have published a paper as part of the iBodies project. Thank you very much for your support. Mohammad Reza Zamani

https://www.pruzkumypamatek.cz/artkey/prp-202402-0003_group-of-paintings-of-the-chudenice-altarpiece-the-case-of-a-late-gothic-painting-workshop-in-the-nobility-82.php

https://www.pruzkumypamatek.cz/artkey/prp-202401-0003_late-gothic-altarpiece-from-chudenice-in-the-vicissitudes-of-time.php

https://staletapraha.cz/artkey/pha-202401-0003_bedrich-petrina-8211-interwar-prague-collector-of-antique-artfriedrich-petrina-8211-der-prager-altkunstsa.php

Článek vyšel v režimu open access.

Ve spolupráci se školitelkou RNDr. Vandou Janštovou a MUDr. Kamilou Procházkovou jsme společně připravili odborný článek, který byl publikován ve SciEd.

Studie přináší unikátní analýzu sesterských intervencí, na kterých se sestra v konziliárním týmu paliativní péče na Klinice paliativní medicíny podílí, či je vykonává samostatně. V době, kdy začínají být do praxe paliativní medicíny zaváděny samostatné sesterské výkony, je důležité přinášet jak retrospektivní, tak prospektivní výzkumná data o sesterských intervencích, a tím přispívat k rozvoji činnosti sester v konziliárních paliativních týmech. Mj. studie poukazuje na důležitost vzdělávání sester v oblasti komunikace, což může nejen rozšiřovat sesterské znalosti a dovednosti, ale také napomáhat ke zvládání nejistot při poskytování paliativní péče.

Part of the data supported from this GAUK project financing regarding SCs anti-inflammatory properties was published in an article in Stem Cell Research and Therapy journal (5 year impact factor = 7.9) last year with the acknowledgement of Grant Agency of Charles University. I attach the manuscript. However, I mistakenly wrote down an incorrect number of this project, which was only the billing number of the project 252827. If needed, this issue will be sorted out with the journal.

Článek přijatý do tisku.

Block classical Gram–Schmidt (BCGS) is commonly used for orthogonalizing a set of vectors X in distributed computing environments due to its favorable communication properties relative to other orthogonalization approaches, such as modified Gram–Schmidt or Householder. However, it is known that BCGS (as well as recently developed low-synchronization variants of BCGS) can suffer from a significant loss of orthogonality in finite-precision arithmetic, which can contribute to instability and inaccurate solutions in downstream applications such as s-step Krylov subspace methods. A common solution to improve the orthogonality among the vectors is reorthogonalization. Focusing on the “Pythagorean” variant of BCGS, introduced in [E. Carson, K. Lund, and M. Rozložník, SIAM J. Matrix Anal. Appl., 42 (2021), pp. 1365–1380], which guarantees an O(eps)kappa^2(X) bound on the loss of orthogonality as long as O(eps)kappa^2(X) < 1, where eps denotes the unit roundoff, we introduce and analyze two reorthogonalized Pythagorean BCGS variants. These variants feature favorable communication properties, with asymptotically two synchronization points per block column, as well as an improved O(eps) bound on the loss of orthogonality. Our bounds are derived in a general fashion to additionally allow for the analysis of mixed-precision variants. We verify our theoretical results with a panel of test matrices and experiments from a new version of the BlockStab toolbox.

This article pertains to further progress on Project II, going beyond the goals outlined in the original proposal. We study the structure of soft theorems for pion amplitudes at tree-level and planar integrands to all loop orders and multiplicities. We find that the soft theorems are determined by mixed amplitudes and loop integrands involving cubic scalars coupling to NLSM pions in an extended theory known as NLSM+φ^3.

This work was supported by the Charles University Grant Agency (GA UK No. 206823).

Autoři: Dominik Arbon, Jan Mach, Aneta Čadková, Anna Sipkova, Jan Stursa, Kristýna Klanicová, Marta Machado, Markus Ganter, Viktoriya Levytska, Daniel Sojka, Jaroslav Truksa, Lukáš Werner, Robert Sutak

The article "SEXTORTION IN SPORT: AN APPLIED ETHICS APPROACH TO MISCONDUCT" was also published in Spanish, reflecting the project’s goal to addressing sextortion as a global issue, with particular attention to the Global South.

Recognizing the regional nuances in governance and safeguarding challenges, Spanish enhances accessibility for stakeholders in Spanish-speaking countries, where these issues remain under-examined yet critically important.

Notably, Spanish-speaking respondents represented the second-largest group in our empirical study, providing valuable insights into the specific governance gaps and systemic barriers present in these regions. Incorporating these perspectives into the conceptual analysis enriched the depth of the discussion. Making the research available in Spanish is essential for fostering meaningful engagement, promoting inclusive policy dialogue, and supporting governance reforms in diverse global contexts.

The article "SEXTORTION IN SPORT: AN APPLIED ETHICS APPROACH TO MISCONDUCT" was also published in Portuguese, which is significant given the project’s focus on aiming to address sextortion in a truly global context.

Recognizing the regional nuances in governance and safeguarding challenges, this enhances accessibility for stakeholders in Portuguese-speaking countries, where such issues remain under-examined yet highly relevant. Ensuring that research is available in the languages of those directly impacted is essential for fostering meaningful engagement, promoting inclusive policy dialogue, and supporting governance reforms within diverse global contexts.

Please Note: Article under review

Please Note: Article under review

přehledový článek

původní článek

Overall, the results shed light on the nature of impairment at both the single-cell and population levels in the transgenic AD model. In addition to the observed spatial coding inaccuracy, the findings reveal a significantly impaired ability to adaptively modify and refine newly stored hippocampal memory patterns.

The review provides the first comprehensive evaluation of the TgF344-AD rat model, underscoring its potential in understanding AD pathogenesis and evaluating potential therapies. It covers a wide range of AD aspects, including phenotype, pathology, neuronal networks, cognitive and behavioral functions, functional networks, potential interventions, etc.

In this project, we focused on understanding the early stages of polyploid establishment in nature, using a unique case of a recently formed autotetraploid lineage of Mimulus guttatus in the Shetland Islands. Through a combination of field surveys, cytotyping, and controlled crossing experiments, we investigated how neopolyploids can persist and spread despite well-known challenges such as minority cytotype exclusion and triploid sterility.

Our findings show that the tetraploid lineage, likely formed within the last century, has successfully expanded across southern Shetland and now coexists with its diploid progenitors in several populations. Despite close spatial proximity between cytotypes, we found no triploid individuals among nearly 1,400 sampled adults and seedlings. Controlled interploidy crosses confirmed strong postzygotic isolation, with interploidy seed germination rates remaining below 2%. Interestingly, in mixed-pollen treatments where both diploid and tetraploid pollen were applied, progeny consistently matched the seed parent's ploidy—indicating that mechanisms such as conspecific pollen precedence likely reduce hybrid formation.

Although tetraploids exhibited slightly lower reproductive investment compared to diploids, we observed strong field performance, fertility, and germination, particularly in mixed-ploidy zones. Together, these results demonstrate that newly formed polyploids can overcome early reproductive barriers and establish in natural populations, even in the absence of clear ecological niche differentiation. We offer a comprehensive view of the initial stages of polyploid speciation, highlighting how reproductive barriers and demographic factors contribute to the establishment of polyploid lineages.

Manuscript je ve finálním stavu před odesláním do časopisu.

Článek je v recenzním řízení

Jedná se o draft manuscriptu ve stádiu přípravy.

Jedním z aktuálních témat neuropsychologické dia gnostiky je detekce simulace kognitivního
oslabení a nedostatečné snahy během vyšetření. Důvodem simulace kognitivního oslabení
či nedostatečné snahy může být získání různých výhod, např. fi nančních, materiálních, nebo
pozornosti jiných osob. Při detekci simulace a nedostatečné snahy jsou využívány různé typy
metod, např. testy kognitivních schopností či testy určené speciálně pro detekci simulace. Tento
článek se zaměřuje na popis dvou konkrétních metod a jejich psychometrických vlastností
– Repeatable Battery for the Assessment of Neuropsychological Status (RBANS) a Structured
Inventory of Malingered Symptomatology (SIMS). V rámci neuropsychologického testu RBANS lze
snahu hodnotit pomocí několika ukazatelů. SIMS je inventářem zaměřujícím se nejen na hodnocení
simulace kognitivního oslabení, ale i na hodnocení dalších oblastí psychopatologie.
Článek lze najít na https://doi.org/10.48095/cccsnn2024181

A certificate from the editor is attached to the manuscript of the article, confirming that the article will be published in 2025.
The SJR is 0,27 in 2023. The journal is in the 1st quartile of Scopus. In Web of Science it is included in Web of Science Core Collection: https://mjl.clarivate.com://search-results?issn=2451-3202&hide_exact_match_fl=true&utm_source=mjl&utm_medium=share-by-link&utm_campaign=search-results-share-this-journal

A certificate from the editor is attached to the manuscript of the article, confirming that the article will be published in 2025.

Publication of the tau LFU 1x1 measurement.

Here, we examined three columns packed with different PCS-C18 phases using the MS-favorable mobile phase acidified with low formic acid concentrations to establish the impact of separation performance and better MS sensitivity on peptide identifications.

The surface charge interaction was evaluated using the retention of nitrate. The highest interaction was observed for the AdvanceBio Peptide Plus column. A surface charge-dependent shift in the retention time of peptides was confirmed with a change in formic acid concentration in the mobile phase. The separation performance of the columns with MS- MS-favorable mobile phase acidified with low concentrations of formic acid was evaluated using well-characterized peptides. The loading capacity was assessed using a basic peptide with three lysine residues. Good chromatographic peak shapes and high loading capacity were observed for the Acquity Premier CSH C18 column, even when using a mobile phase acidified with 0.01 % formic acid. The extent of improvement in peptide identification when using reduced formic acid concentration was evaluated by analyzing the tryptic digest of trastuzumab and tryptic digest of whole bacteria cell lysate. Each column provided improved MS signal intensity and peptide identification when using the mobile phase with 0.01 % formic acid.

The ability of the Acquity Premier CSH C18 column to provide better separation of peptides, even with a reduced formic acid concentration in the mobile phase, boosted MS signal intensity by 65 % and increased the number of identified peptides from the bacterial sample by 19 %.

Our study confirms that significant improvement in the proteomic outputs can be achieved without additional costs only by tailoring the chemistry of the stationary phase to the composition of the mobile phase.

Článek popisující první případ termálního melanismu u zlatohlávků, konkrétně u druhu Pachnoda iskuulka. Výsledky jsou diskutovány v kontextu rozšíření tohoto druhu v krajině, potencionálních změn habitatu a mimeze.

Popularizační článek o dálkové migraci hmyzu, zejména pestřenek, se zaměřením na výzkum pestřenek v České republice. Tento článek je jedním ze dvou slibovaných popularizačních výstupů.

ArXiV preprint of our article titled "Spin-glass ground states in the frustrated pyrochlore and fluorite antiferromagnets NaCdM2F7 (M = Ni2+, Mn2+)", available at https://arxiv.org/abs/2411.11579. Article was submitted to Journal of Alloys and Compounds (citescore 11.1, impact factor 5.8) on 25th November 2024 (manuscript number JALCOM-D-24-20676), where it has been accepted by the editorial office and is now in the peer-review process by 2 anonymous international referees.

Abstract
This article argues that in Caché, politics, aesthetics and life collapse into one another by setting a dystopic simulacrum from which the spectator becomes emancipated. Caché critiques colonial-racist discourses within the France–Algeria context alongside the society of the spectacle, subverting binary categorisations such as form/content, ethics/aesthetics and diegetic/extradiegetic through staged hyperrealism, self-reflexivity and manipulations. It forces the anaesthetised spectator to confront the postcolonial uncanny in its naked truth. This article presents an original contribution to existing scholarship by linking Caché to the genesis and ongoing legacy of anti-colonial dissent and resistance in the history of Francophone cinema.

Keywords
Michael Haneke, Caché, postcolonial, uncanny, abjection, simulacrum, emancipated spectator

*The revision is in review.

Abstract
In Jose Antonio Vargas’s memoir, Dear America: Notes of an Undocumented Citizen (2018), there is an inextricable nexus between theoretical/critical reflections and reconstruction of lived experience. Dear America is an autobiographical balancing act in which the protagonist is split between the individual and the community to bear strategic witness to the collective struggles of undocumented and legal migrants in the US and subvert the master narrative of immigration. This article focuses on the cross-cultural politics and counter-hegemonic force of Dear America as a paradigmatic example of how transgressive life writing and exilic criticism can be transformed into a positive mission by fusing critical, creative, and activist endeavours. It contributes to existing scholarship by arguing how transgression and exile are deeply interconnected in the memoir, existentially driving J. A. Vargas to exceed limits and push against boundaries that subject the undocumented to a pathological subject position and epistemic closure, ultimately overcoming mimicry as a survival mechanism—passing, lying, and hiding—and asserting difference in equality, human dignity, and freedom.

Keywords: undocumented; migration; life-writing; exile; transgression

Náhodný nález při sběru dat pro část věnované "bare area of proximal radius". Jedná se o doposud nepopsaný variabilní průběh hluboké i povrchové větve nervus radialis skrz supinátorový kanál.

Souvislost s tímto projektem je princip interakce tvarovaného světelného svazku s látkou.

Článek pojednává a interakci vortexových světelných svazků s látkou, obdobně tvarované světelné svazky jsou předmětem tomto projektu.

Accepted Apr 09, 2025.

GAUK has been acknowledged.

V tomto článku se hlavní řešitel zaměřil na analýzu právních rámců omezování vlastnických práv v kontextu mezinárodních sankcí, zejména sankční politiky Evropské unie, České republiky a Estonska. Hlavním cílem bylo prozkoumat rovnováhu mezi veřejným zájmem a individuálním právem na vlastnictví v reakci na ruskou agresi na Ukrajině.

Článek hodnotí právní nástroje, jako je zmrazování aktiv a jejich částečné uvolňování v českém právním systému, a dále inovativní přístup estonské legislativy, která umožňuje použití sankcionovaných aktiv k předběžné úhradě škod způsobených agresorem. Prostřednictvím komparativní analýzy byly zhodnoceny ústavní limity těchto opatření a jejich soulad s evropskými i národními standardy.

V závěru hlavní řešitel porovnal různé přístupy k omezení vlastnických práv v sankční politice, poukázal na jejich silné a slabé stránky a navrhl zlepšení v implementaci těchto opatření. Článek se snaží přispět l k širší diskuzi o ústavnosti některých sankčních opatření. Svou afiliaci k projektu GAUK hlavní řešitel uvedl v souladu s akademickými standardy, čímž se snaží zajistit propojení svého výzkumu s podporou grantového projektu. Článek hlavní řešitel přikládá.

The development of advanced extraction sorbents for efficient sample pretreatment is one of the most challenging tasks in analytical chemistry. Since the first successful application of nanofibers as extraction sorbents, they have been the subject of extensive research. The wide variety of nanofibrous materials and the ease of their functionalization provide a wide scope for creativity and innovation. Current trends in the development of nanofibrous sorbents include new applications in microextraction approaches, the production of advanced coated materials and composites, and their application beyond environmental analysis. This review summarizes the major achievements mostly of the last decade and focuses on recent advances in nanofiber extraction principles, nanofiber modifications, and provides examples of recent applications of nanofibers as sorbents and extraction materials. Particular emphasis is placed on the use of nanofibers in soil, plant-based matrix, living organism, wastewater, river water, drinking water, food, and biological fluid analysis.

Background: A novel supported liquid extraction approach using small polymeric nanofibrous discs was demonstrated and applied to the analysis of real river water. Nanofibrous discs were tested to extract model mixture of 9 common water contaminants 4-nitrophenol, various chlorophenols, bisphenol A, permethrin, and fenoxycarb featuring a wide range of log P values (1.9-6.5). Polyacrylonitrile, polyhydroxybutyrate, and poly- lactic acid nanofibers were selected as adsorptive materials. One-step desorption was performed directly in HPLC vials, to avoid time-consuming evaporation and reconstitution steps. The discs were allowed to sediment to the bottom of the vial before injection into the chromatographic system. Results: Various parameters affecting the extraction efficiency including 1-octanol volume, extraction time, ionic strength, and sample volume were investigated and optimized. Wetting the nanofiber discs with 1-octanol resulted in up to 20-fold increase in enrichment factor when compared to non-wetted polymer counterparts. The highest enrichment factors were observed for analytes with a log P range of 3.3-4.5. Our developed method showed good linearity in the range 20-200 mu g/L for all analytes tested. Satisfactory repeatability with RSD <13 % were achieved covering all steps including disc preparation, wetting, extraction/elution, and chromatography analysis, and recoveries ranged from 58.93 to 121.43 %. Significance: This work represents novel simple supported liquid extraction approach using impregnated polymer nanofiber discs. Using only 50 L 1-octanol, we reduced the organic solvent compared to other extraction methods. There was no need for any plastic cartridge to hold the sorbent and direct in-vial desorption reduced the unnecessary, time-consuming steps and simplified the sample preparation protocol.

To be published in March 2025

Status: will be submitted in the first half of 2025

Status: submitted to the journal

V uvedené publikaci byla zveřejněna část výsledků související s řešením otázek v rámci tohoto projektu GA UK.

While our article focuses on other leukemic models, our HBL-2 cells´ studies resulted in Daumova et al.´ findings (Cell Death Discovery). These results underscore the vital role of oxygen tension in leukemic behavior, validate our in vitro methods and offer key insights for personalized therapies.

doi:10.1038/s41420-025-02341-y

https://doi.org/10.1186/s12885-025-13988-2

Dlouho očekávaný výstup projektu submitovaný k recenznímu řízení již v dubnu 2023 a po dlouhém a resubmitaci publikovaný online v únoru 2024 v prestižním časopise Journal of Biogeography (IF 3.4; Q1).
Publikace shrnuje poznatky o evoluční historii rodu Bunopus, jednoho z poměrně málo zkoumaných zástupců palearktických nahoprstkých gekonů, a ještě podrobněji o jeho populacích rozšířených na Arabském Poloostrově. Cílem studie bylo objasnit fylogenetické vztahy jeho formálně popsaných a kandidátských druhů, odhad jejich divergencí, biogeografickou historii rodu, demografickou historii a faktory zodpovědné za fylogeografickou strukturu arabských populací.
Studijní model, gekon rodu Bunopus, se dokonce dostal na titulní stranu čísla, což všechny zúčastněné autory mile překvapilo.

Plasma Depletion Events (PDEs) are characterized by abrupt, localized reductions in ionospheric plasma density at least by an order of magnitude decrease. These events are observed over a limited range of altitudes, typically spanning a few tens of kilometers. We use Mars Atmosphere and Volatile Evolution spacecraft data to investigate the properties and possible formation mechanism of daytime PDEs, typically observed at altitudes above 250 km. We show, using two example events and statistical analysis, that the depletion events are associated with electrostatic fluctuations and increased electron temperatures. The events are further accompanied by enhanced fluxes of suprathermal electrons and light energetic ions. These are indicative of local plasma heating, possibly mediated by the electrostatic fluctuations. The heated plasma may eventually escape from the depletion region through the ambipolar diffusion.

This study investigates short (millisecond) pulses detected by the Langmuir Probe and Waves instrument on board the Mars Atmosphere and Volatile Evolution spacecraft. We present a statistical analysis of 360,000 medium-frequency burst electric field waveforms recorded in 2015; the study aims to identify and analyze the characteristics of these transient pulses. An automatic routine is used to detect waveforms with rapid fluctuations in the electric field data; this comprises over 12,000 events in the dipole and nearly 5000 in the monopole configurations. Our findings reveal that most of the pulses in monopole configuration are likely the result of interference rather than dust impacts. Our analysis mainly focuses on dipole observations, which predominantly consist of bipolar events typically associated with dust impacts. These events are mainly detected in the Martian ionosphere, where the spacecraft is negatively charged. Fewer events are recorded when the spacecraft is positively charged, with a maximum at an altitude of 1200 km. The low detection rate of dust impact signals outside the ionosphere suggests that the planet is the most probable source of these dust particles. However, the physical processes by which dust grains are lifted from the surface of the planet to high altitudes are not clear, and thus a possibility that the signals observed might not be generated by dust impacts remains for further investigation.

In our paper, we showed the role of HelD protein in transcription initiation and how HelD safeguards this process against the antibiotic rifampicin in mycobacteria. The GA UK (236823) funding was acknowledged, and my author affiliation (to the Faculty of Science) was included in the paper.

Článek přestavující operando celu pro operando XPS elektrochemická měření. Finálním cílem je využít tuto celu pro měření Ir-Ru katalyzátorů

Článek ve kterém je vysvětlena aktivita a stabilita Ir-Ru katalyzátoru v důsledku dynamického vzniku Ir-Ru@IrOx core-shell struktury, ve které se udržuje pnutí v Ir slupce, což výrazně zvyšuje aktivitu Ir.

The article is open-access.

I am a co-author of this publication and the results are part of my GAUK project.

It has been published and it contained an acknowledgement of the Charles University Grant Agency project for which the publication is filed as an output and affiliation to the university and faculty under which the project was submitted.

This article explores Schelling's critique of Fichte's idealism in light of his evolving metaphysical framework, emphasizing his affirmation of the primacy of nature. By challenging Fichte's concept of being, Schelling underscores the importance of a realist position that asserts the unity of ideal and real, drawing on Hölderlin’s idea of Being as trans-reflexive.

The dialogue Bruno of 1802 is arguably the natural starting point for any investigation on the concepts of finitude, evil and human freedom in Schelling's middle metaphysics. In this dialogue the author elaborates for the first time in his system a concept of freedom and independence of the finite, which extends via his reformulation in Philosophy and Religion of 1804 to the Freedom Essay of 1809

The question we will address in this article concerns the status of the finite as such and how it is at all possible to admit both the existence of a world of finite beings as it appears to consciousness and the positing of an Absolute and infinite principle of philosophy. We will show how Schelling's interest shifts, almost unintentionally, from the infinite principle to the finite as such, as a principle of freedom and self-initiation independent of the real.

Článek přijatý k recenznímu řízení včetně potvrzení o přijetí.

Článek přijat do tisku po úspěšném recenzním řízení.

This article presents a comparison between effective-one-body and gravitational-self-force waveforms for black hole binaries with a spinning secondary. It benchmarks the quasi-circular part of our model and tests the spin-orbit sector that we have implemented in the code.

Cationic-Hydrophilic Di-Block Copolymers: Surface-Shielded Vectors for Gene Delivery

https://doi.org/10.1002/pol.20240970
(Open Access article)

http://dx.doi.org/10.1016/j.renene.2024.121154

http://dx.doi.org/10.1016/j.est.2024.112909

This review, part of our ongoing GAUK-funded PROTAC research, examines how PROTAC can modulate the immune system by targeting key regulators like cytokines, transcription factors, and immune checkpoints. It also addresses challenges and opportunities in TPD for immunotherapy, including PK/PD optimization, off-target effect mitigation, and AI integration. The review concludes with insights into TPD’s future in immunological interventions. The acknowledgment section mentions the Grant Agency of Charles University (GA UK project no. 200223).

The article titled "Novel Antagonists Reveal the Mechanism of PXR Inhibition" was published in a renowned pharmacology journal (Trends in Pharmacological Sciences (TIPS)) with an impact factor of 13.9. The acknowledgment section mentions the Grant Agency of Charles University (GA UK project no. 200223). This spotlight article is part of our ongoing GAUK-funded work. The paper discusses some exciting results achieved by our competitors.

Časopis bez IF

Byla publikována kazuistika v tuzemském recenzovaném časopise CMP Journal (bez impaktního faktoru), ročník 2023, číslo 2, název: Co je CADASIL a kdy na něj myslet?

Publikace se zabývá novou UV-Vis metodou, která byla v rámci projektu vyvinuta. Metoda je aktuálně využívána pro studium cílových bis(fosfonátových) ligandů a v publikaci byla validována na symterických analozích 1,4,7-triazacyclononanu, které slouží také jako model pro cílové ligandy tohoto projektu.

Příspěvek z mezinárodní konference Ars et educatio - Katolická univerzita v Ružmberoku, Katedra hudení výchovy publikovaný v časopise Studia Scientifica Facultatis Paedagogicae Universitas Catholica Ružomberok 4/2024 (https://studiascientifica.ku.sk/)

While the original grant proposal aimed to investigate parallel ecological speciation in the Cardamine amara diploid-polyploid complex along elevational gradients, unforeseen challenges—including difficulties in sample cultivation, demanding genomic data analysis, and the complexity of reproductive barrier assessments—made it unfeasible to complete the proposed study within the project timeline.

Instead, I focused on a critical subset of the broader research question: the role of polyploidy in reproductive isolation and gene flow. The published paper (Overcoming Ploidy Barriers: The Role of Triploid Bridges in the Genetic Introgression of Cardamine amara) examines whether triploid hybrids facilitate gene flow between diploid and tetraploid C. amara populations, a key factor in shaping the evolutionary dynamics that the original project sought to explore. While not directly addressing elevational divergence, this work provides essential insights into:

Reproductive barriers between cytotypes, which underlie the speciation mechanisms proposed in the original hypotheses (Q3).

The genetic connectivity of diploids and polyploids, which informs how polyploid lineages colonize new habitats (relevant to Q2).

Methodological approaches (field cytotyping, crossing experiments, and genomic analyses) that would have been applied in the elevational study.

This shift in focus was necessary due to time and logistical constraints, but the published work still advances our understanding of C. amara’s evolutionary biology—particularly how polyploidy, a central theme of the grant, influences divergence and gene flow in natural populations.

A follow-up paper addressing the original questions on parallel ecological speciation along elevational gradients is currently in preparation and will incorporate additional genomic and ecological analyses to further explore these dynamics.

The study demonstrates that KO segregation significantly affects the surface reactivity of KTaO₃ toward both CO and water, as revealed by atomic-scale investigations

The productivity of microalgal cultures and their resilience to unfavorable conditions is largely determined by the availability of mineral nutrients, particularly nitrogen. Nitrogen starvation is a strong stressor that induces a broad range of responses in microalgae at the cell and cell population (culture) levels. These responses such as lipogenesis and secondary carotenogenesis are widely used in biotechnology to obtain valuable secondary metabolites of microalgae. It was believed that microalgal cells lack specific structures that function as long-term nitrogen depot, but recent studies assigned this role to microcrystalline inclusions constituted by nitrogenous bases (most often guanine). It is also known that purine microcrystals are biophotonic structures widespread in nature. These structures modify the intensity and spectral composition of radiation in illuminated cells and tissues of living organisms. In this regard, we studied (i) the dynamics of
the formation of guanine crystals in the cells of green carotenogenic microalgae from the genus Coelastrella depending on the availability of nitrogen in the medium and (ii) the effect of the presence of these crystals on cell resilience to high light intensity.
Nitrogen-rich crystal inclusions were accumulated in cells when the cultures reached the stationary growth
phase in a medium with ample nitrate nitrogen. During rapid growth, these inclusions were hardly detectable
in the cells and disappeared during cultivation in the absence of nitrogen. Optical polarization microscopy and Raman microspectroscopy demonstrated that these nitrogen-rich inclusions are birefringent microcrystals composed of guanine. C. thermophila cells harboring abundant guanine crystals showed resistance to short-term (10–15 min) exposure to high-intensity light (600 μmol PAR quanta/m2/s). The results obtained are discussed in the context of the multifaceted role of guanine crystals in the stress tolerance of microalgae.

Published online ahead of print.

list of the other authors as we are above the author list * Edward, Nathan;Kun,Hu;Henric, Krawczynski;Michal, Dovciak;Alexandra, Veledina;Fabio, Muleri; Jiri, Svoboda; Kevin, Alabarta; Maxime, Parra; Yash, Bhargava; Giorgio, Matt; Juri, Poutanen; Pierre-Olivier, Petrucci; Allyn,F., Tennant; M.,Cristina, Baglio; Luca, Baldini; Samuel, Barnier; Sudip, Bhattacharyya; Stefano, Bianchi; Maimouna, Brigitte; Mauricio, Cabezas; Floriane, Cangemi; Fiamma, Capitanio; Jacob, Casey; Nicole, Rodriguez Cavero; Simone,Castellano; Elisabetta,Cavazzuti; Sohee,Chun; Eugene,Churazov; Enrico,Costa; Niccolo,Di,Lalla; Alessandro,Di,Marco; Elise,Egron; Melissa,Ewing; Sergio,Fabiani; Javier,A.,Garcia; David,A.,Green; Victoria,Grinberg; Petr,Hadrava; Adam,Ingram; Philip,Kaaret; Fabian,Kislat; Takao,Kitaguchi; Vadim,Kravtsov; Brankica,Kubatova; Fabio,La,Monaca; Luca,Latronico; Vladislav,Loktev; Christian,Malacaria; Frederic,Marin; Andrea,Marinucci; Olga,Maryeva; Guglielmo,Mastroserio; Tsunefumi,Mizuno; Michela,Negro; Nicola,Omodei; Jakub,Podgorny; John,Rankin; Ajay,Ratheesh; Lauren,Rhodes; David M.,Russell; Miroslav,Slechta; Paolo,Soffitta; Sean,Spooner; Valery,Suleimanov; Francesco,Tombesi; Sergei A.,Trushkin; Martin C.,Weisskopf; Silvia,Zane; Andrzej A.,Zdziarski; Sixuan,Zhang; Wenda,Zhang; Menglei,Zhou; Ivan,Agudo; Lucio,A. Antonelli; Matteo,Bachetti; Wayne H.,Baumgartner; Ronaldo,Bellazzini; Stephen,D. Bongiorno; Raffaella,Bonino; Alessandro,Brez; Niccolo,Bucciantini; Chien-Ting,Chen; Stefano,Ciprini; Alessandra,De Rosa; Ettore,Del Monte; Laura,Di Gesu; Immacolata,Donnarumma; Victor,Doroshenko; Steven R., Ehlert; Teruaki, Enoto;Yuri, Evangelista; Riccardo, Ferrazzoli;Shuichi, Gunji; Kiyoshi Hayashida; Jeremy, Heyl; Wataru, Iwakiri; Svetlana, G.,Jorstad;,Vladimir,Karas,et,al.

Monografie Misgendering z perspektivy filozofie jazyka vzniklá v rámci projektu GA UK je momentálně v tisku v nakladatelství Karolinum. V PDF je přiložen předtiskový náhled včetně zadní strany obálky, kde je uvedena afiliace, dedikace je uvedena v rámci tiráže knihy.

Kniha byla přijata k publikaci (viz přílohy) a nyní se nachází ve fázi úpravy před tiskem. Není tak ještě pevně stanoven počet stran, který se může grafickou úpravou měnit.

na stránce 375 je zmíněna podpora výzkumu GAUK 362422
Výstup nahrazuje publikaci kapitoly v nakladatelství Academia, která stále nevyšla.

Kniha Rodit násilím tematizuje nedávno definovaný fenomén porodnického násilí, který proniká do péče a praktik obklopujících jednu z ústředních událostí tělesné existence člověka – porod a narození. Autorky prostřednictvím sociokulturních, biomedicínských a legislativních perspektiv představují faktory způsobující, že je porodnické násilí až znepokojivě často běžnou součástí toho, jak (se) rodíme. Zatímco české zdravotnictví slaví úspěch s výbornými výsledky v perinatologii, vykreslený mnohobarevný obraz porodní péče v České republice nabádá k zamyšlení, zda lze kvalitu porodnictví redukovat na černobílé statistiky přežití.

Studentovi byla úspěšně přijata k publikaci kapitola v knize v anglickém jazyce s nakladatelstvím Cambridge Scholars Publishing. Kniha dle domluvy s nakladatelstvím měla vyjít v prosinci 2024. Kvůli drobným zpožděním se sazbou a tiskem kniha s největší pravděpodobností vyjde v prvním čtvrtletí roku 2025.

Krátká kapitola shrnuje výsledky datování metodou molekulárně specifického radiouhlíkového datování organických reziduí z keramických zlomků.
Kapitola v knize je ve fázi druhé korektury.

Methods in Enzymology book series, https://doi.org/10.1016/bs.mie.2024.10.009

This book chapter, part of my GAUK project, discusses the tools I used for my research funded by GAUK. The funding section clearly mentions the GAUK funding details. This chapter primarily focuses on the computational advantages of PROTAC technology and recent advances, such as chemical and biological tools to design a PROTAC degrader. Additionally, we discuss the current list of available online web servers and software for designing novel PROTAC molecules. We hope that these early studies will help expand the PROTAC series to fully uncover the potential of targeted protein degradation (TPD).

Words in natural language can be assigned to specific morphological categories. For example, the English word ‘apples’ can be described using morphological labels like N;PL. The conditional probabilities on such word forms given the labels would reveal for English that the morpheme ‘s’ is present almost always when the label N;PL appears. This indicates that the morphological properties of a word can be traced to its morphemes. We do not have any data resource that associates
morphemes with morphological categories. We use UniMorph schema and datasets for universal morphological annotation as a source of morphological categories and morpheme segmentation. We align morphemes (or exponents) with the corresponding morphological categories based on the UniMorph schema for 12 languages. Given the multilingual nature of the task, we utilize unsupervised methods based on the ΔP measure and IBM Models as we test out the effectiveness of alignment methods used in statistical machine translation. Our results indicate that IBM Models accurately capture the alignment asymmetries between morphemes and morphological categories under non-trivial alignment settings.

This paper was a result of our experiments with identifying the related morphemes across languages.