Laboratoř metabolismu a bioenergetiky ****************************************************************************************** * ****************************************************************************************** [Page in English] [ URL "http://www.lf3.cuni.cz/3LFEN-386.html"] ****************************************************************************************** * Vítejte na stránkách Laboratoře metabolismu a bioenergetiky! ****************************************************************************************** Naše laboratoř je orientována na mitochondriální funkci, nádorovou biologii a kardiovaskul Výzkum mitochondrií: • metabolismus železa • oxidativní stres • transport látek skrze mitochondriální membránu • vliv léčiv a environmentálního prostředí na mitochondriální funkci Nádorová biologie: • kultivace organoidů a 2D buněčných kultur primárních vzorků získaných odběrem z pankreat adenokarcinomu pacientů • personalizovaná genotypizace, metabotypizace a farmakotypizace pankreatického nádoru z b • zkoumání komunikace nádorových buněk na buněčné úrovni • výzkum chemoterapeutické rezistence Kardiovaskulární výzkum: • patofyziologie fibrilace síní • výzkum molekulárních účinků nových katetrizačních metod v arytmologii • genová transfekce kardiomyocytů ****************************************************************************************** * Činnosti laboratoře ****************************************************************************************** • buněčné a tkáňové kultivace (organoidy) • konfokální a fluorescenční mikroskopie • analýza buněčné respirace a metabolismu • průtoková cytometrie • analýzy proteinové a genové exprese • elektroporace buněčných membrán • fluoro/spektro/luminiscenční analýzy • statistické analýzy v souladu s principy otevřené vědy (Open Science) včetně sdílení exp dat a analytických skriptů s preferencí bayesiánských inferenčních metod (R-studio, Matl ****************************************************************************************** * Náš tým ****************************************************************************************** Vedoucí laboratoře: prof. MUDr. Jan Trnka, Ph.D., M.Phil., M.Sc jan.trnka@lf3.cuni.cz [ URL "mailto:jan.trnka@lf3.cuni.cz"] ORCID [ URL "https://orcid.org/0000-0002-1786-7562"] WebofScience [ URL "https://www.webofscience.com/wos/author/record/1379981"] · absolvent všeobecného lékařství na 3. LF UK, postgraduálního studia biochemie a historie na Univerzitě v Cambridge a pedagogiky medicíny na Karolinska Institutet ve Stockholmu · vedoucí Laboratoře metabolismu a bioenergetiky od roku 2010 a Ústavu biochemie, buněčné biologieod roku 2017 · zabývá se mitochondriální funkcí a dysfunkcí, mitochondriálně cílenými léčivy, metabolis tkáně a bayesiánským modelováním Odborní asistenti: Ing. Stanislava Martínková, Ph.D. stanislava.martinkova@lf3.cuni.cz [ URL "mailto:stanislava.martinkova@lf3.cuni.cz"] ORCID [ URL "https://orcid.org/0009-0009-2344-3676"] WebofScience [ URL "https://www.webofscience.com/wos/author/record/54976304"] · absolventka doktorského studia Molekulární a buněčné biologie a genetiky na Přírodovědec Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích · specializuje se na výzkum pankreatického duktálního adenokarcinomu · zaměřuje se na zlepšení cílené léčby a výzkum chemoterapeutické rezistence nádorů sliniv · pracuje s primárními 2D i 3D buněčnými kulturami, buněčnými liniemi, provádí genovou tra klonování, konfokální a fluorescenční mikroskopii, měří metabolismus, buněčnou respiraci a expresi · má zkušenosti v oblasti molekulární a buněčné biologie, biochemie, včetně vývojové a nád Post-doci: Mgr. Ivana Fišerová, Ph.D. ivana.fiserova@lf3.cuni.cz [ URL "mailto:ivana.fiserova@lf3.cuni.cz"] ORCID [ URL "https://orcid.org/0000-0002-6484-3870"] WebofScience [ URL "https://www.webofscience.com/wos/author/record/38884229"] · absolventka fyziologie živočichů a člověka na Přírodovědecké fakultě Univerzity Karlovy studia Patofyziologie člověka na 3. lékařské fakultě Univerzity Karlovi · specializuje se na patofyziologii kardiovaskulárních onemocnění · zaměřuje se na zvýšení bezpečnosti a efektivity srdeční ablace arytmogenních vad myokard · pracuje s buněčnými kulturami, provádí ireverzibilní elektroporaci a elektrotransfekci, fluorescenčním mikroskopem, měří metabolismus a expresi proteinů, analyzuje a vizualizuje Matlab Vědečtí pracovníci: Bc. Jana Vorel jana.vorel@lf3.cuni.cz [ URL "mailto:jana.vorel@lf3.cuni.cz"] · absolventka bakalářského oboru biochemie a biotechnologie na fakultě potravinářské a bio technologie na Vysoké škole chemicko-technologické, nyní studentka navazujícího inženýrské biochemie · specializuje se na metabolismus nádorové biologie · zaměřuje se na vliv buněčného cyklu na buněčnou odpověď buňky na chemoterapeutika · provádí buněčné kultivace, farmakotypizaci buněčných linií a primárních kultur, pracuje mikroskopem, průtokovým cytometrem, měří metabolismus a expresi proteinů Studenti postgraduálního studia: Mgr. Lucie Josefa Lamačová lucie.lamacova@lf3.cuni.cz [ URL "mailto:lucie.lamacova@lf3.cuni.cz"] WebofScience [ URL "https://www.webofscience.com/wos/author/record/58977175"] · absolventka oboru Organická chemie na Přírodovědecké fakultě Univerzity Karlovy · specializuje se na mitochondriálně cílené látky a metabolismus železa · zaměřuje se na studium derivátů deferipronu cílených do mitochondrií a jejich vliv na me v rakovinných buňkách · provádí buněčné kultivace, fluorescenční mikroskopii, měří metabolismus, proteinové expr analyzuje a vizualizuje data v programu R, provádí bayesiánské modelování a zabývá se komu Mgr. Michal Zuzčák michal.zuzcak@lf3.cuni.cz [ URL "mailto:michal.zuzcak@lf3.cuni.cz"] WebofScience [ URL "https://www.webofscience.com/wos/author/record/31557158"] · absolvent molekulární biologie na Přírodovědecké fakultě Univerzity Komenského v Bratisl · specializuje se na metabolismus pankreatických nádorů · zaměřuje se na mechanismus regulace laktátového transportéru MCT1 a vliv živin na jeho f v pankreatických nádorech · provádí buněčné kultivace, pracuje s fluorescenčním mikroskopem a průtokovým cytometrem, metabolismus a expresi proteinů MUDr. Mário Boďo mario.bodo@lf3.cuni.cz [ URL "mailto:mario.bodo@lf3.cuni.cz"] ORCID [ URL "https://orcid.org/0009-0003-5335-7716"] WebofScience [ URL "https://www.webofscience.com/wos/author/record/JMB-6922-2023"] · absolvent všeobecného lékařství na 3. Lékařské fakultě Univerzity Karlovy, lékař Interní 3. LF UK · specializuje se na patofyziologii duktálního adenokarcinomu pankreatu · zaměřuje se na výzkum mechanismů chemoterapeutické rezistence u pankreatického duktálníh zejména na vývoj rezistence při nízkých koncentracích cytostatických látek · provádí buněčné kultivace, pracuje s fluorescenčním mikroskopem, měří metabolismus, buně expresi proteinů Studenti pregraduálního studia: Alice Kapáková David Kvapil Kateřina Šmejkalová Tomáš Wolf Alumnae/i: Mgr. Anežka Kafková, Ph.D. Mgr. Zdeňka Syrová, Ph.D. Mgr. Jana Tůmová (Patková), Ph.D. (2009-2016) Moustafa Elkalaf, MBBCh, Ph.D. (2009-2019) ****************************************************************************************** * Aktuální projekty ****************************************************************************************** • Farmakotypizace, metabotypizace, genotypizace a výzkum chemoterapeutické rezistence pank duktálního adenokracinomu • Buněčná komunikace nádorových buněk – tunneling nanotubes • Metabolismus laktátu pankreatického duktálního adenokarcinomu • Metabolismus železa v nádorových buňkách • 3/2024-12/2028 - Veřejná soutěž Programu ZEMĚ II – Ministerstvo zemědělství - QL24010123 reprodukce prasat - zátěž chovů škodlivými látkami. Spoluřešitelka: Stanislava Martínkov • 2024/2026 - GAUK 108624 - Mechanismy vývoje chemorezistence u adenokarcinomu pankreatu p koncentracích cytostatik. Hlavní řešitel: Mário Boďo • ??UNCE 24/MED/015 - Výzkum vlivu patofyziologických mechanismů v moderní léčbě kardiovas • Biofyzikální a bezpečnostní aspekty ablace pulzním polem (ireverzibilní elektroporace) k okolní tkáně in vitro ****************************************************************************************** * Unikátní přístroje ****************************************************************************************** • Seahorse XFp a XF24 - analýza buněčné respirace a anaerobní glykolýzy v reálném čase • Elektroporační systém TONAGENA pro adherentní kultury ****************************************************************************************** * Spolupráce ****************************************************************************************** • MRC Mitochondrial Biology Unit, University of Cambridge • Interní klinika 3. LF UK, Fakultní nemocnice Královské Vinohrady • Kardiologická klinika 3. LF UK, Fakultní nemocnice Královské Vinohrady • Interní klinika 3. LF UK, Nemocnice na Bulovce • Ústav histologie a embryologie, Lékařská fakulta Masarykovy univerzity • Fakulta biomedicínského inženýrství ČVUT v Praze • Laboratoř Věry Vávrové Pediatrické kliniky 2. LF UK a FN Motol • Výzkumný ústav živočišné výroby v.v.i., oddělení Biologie reprodukce-Regulace zrání savč • Ústav živočišné fyziologie a genetiky Akademie věd ČR, v. v. i.., Laboratoř biochemie a biologie zárodečných buněk • Tonagena s.r.o. ****************************************************************************************** * Recentní publikace ****************************************************************************************** Zloh, Miloslav, Patrik Kutilek, Jan Hejda, Ivana Fiserova, Jan Kubovciak, Masaaki Murakami Stofkova. 2024. “Visual Stimulation and Brain-Derived Neurotrophic Factor (BDNF) Have Prot Effects in Experimental Autoimmune Uveoretinitis.” Life Sciences 355 (October). https://do j.lfs.2024.122996 [ URL "https://doi.org/10.1016/j.lfs.2024.122996"] Acimovic I, Gabrielová V, Martínková S, Eid M, Vlažný J, Moravčík P, Hlavsa J, Moráň L, Ca Staňo P, Procházka V, Kala Z, Trnka J, Vaňhara P. (2024). Ex-vivo 3D cellular models of pa adenocarcinoma: from embryonic development to precision oncology. Pancreas. 2024 Jul 30. d MPA.0000000000002393. Epub ahead of print. PMID: 39074056. Fiserova, Ivana, Ondrej Fiser, Marek Novak, Jan Trnka, Antonia Gibalova, David Kvapil, Bar Marek Hozman, Dalibor Herman, Klara Benesova, and Pavel Osmancik. 2024. “Significant Hemol Present during Irreversible Electroporation of Cardiomyocytes in Vitro.” Heart Rhythm. doi j.hrthm.2024.08.019. Osmancik, Pavel, Barbora Bacova, Dalibor Herman, Marek Hozman, Ivana Fiserova, Sabri Hasso Melenovsky, Jakub Karch, Jana Vesela, Klara Benesova, and Vivek Y. Reddy. 2024. “Periproce Intravascular Hemolysis During Atrial Fibrillation Ablation: A Comparison of Pulsed Field Radiofrequency Ablation.” JACC: Clinical Electrophysiology 10(7):1660–71. doi: 10.1016/j.j Lucie J. Lamačová, and Jan Trnka. 2024. “Chelating Mitochondrial Iron and Copper: Recipes, and Promise.” Mitochondrion. Elsevier B.V. https://doi.org/10.1016/j.mito.2024.101903 [ UR doi.org/10.1016/j.mito.2024.101903"] . Žalmanová T, Hošková K, Prokešová Š, Nevoral J, Ješeta M, Benc M, Yi YJ, Moravec J, Močáry S, Fontana J, Elkalaf M, Trnka J, Žáková J, Petr J. (2023). The bisphenol S contamination in human follicular fluid affects the development of porcine oocytes. Front Cell Dev Biol. doi: 10.3389/fcell.2023.1145182. PMID: 37091980; PMCID: PMC10115966. Anežka Kafková, Lisa Tilokani, Filip Trčka, Veronika Šrámková, Marie Vancová, Tomáš Bílý, Julien Prudent, and Jan Trnka. 2023. “Selective and Reversible Disruption of Mitochondrial Protein Complexes by Lipophilic Cations.” Mitochondrion 68 (January):60–71. https://doi.or j.mito.2022.11.006 [ URL "https://doi.org/10.1016/j.mito.2022.11.006"] . Fiserova I, Trinh MD, Elkalaf M, Vacek L, Heide M, Martinkova S, Bechynska K, Kosek V, Haj O, Tousek P, Polak J. (2022). Isoprenaline modified the lipidomic profile and reduced ?-ox cardiomyocytes: In vitro model of takotsubo syndrome. Front Cardiovasc Med. Aug 22;9:91798 fcvm.2022.917989. PMID: 36072861; PMCID: PMC9441769. Michal Šíma, Stanislava Martínková, Anežka Kafková, Jan Pala, and Jan Trnka. 2022. “Cell-T Interferes With DNA-Based Normalization of Metabolic Flux Data.” Physiological Research 71 https://doi.org/10.33549/physiolres.934855 [ URL "https://doi.org/10.33549/physiolres.9348 Michal Zuzčák, and Jan Trnka. 2022. “Cellular Metabolism in Pancreatic Cancer as a Tool fo Treatment (Review).” International Journal of Oncology. Spandidos Publications. https://do IJO.2022.5383. J. Fontana, S. Martínková, J. Petr, T. Žalmanová, J. Trnka. Metabolic cooperation in the o Physiol. Res. 69: 33-48, 2020; doi: 10.33549/physiolres.934233 Moráň Lukáš; Pivetta Tiziana; Masuri Sebastiano; Vašíčková Kateřina; Walter Franziska; Pre Elkalaf Moustafa; Trnka Jan; Havel Josef; Vaňhara Petr. Mixed copper(ii)-phenanthroline co cell death of ovarian cancer cells by evoking the unfolded protein response. Metallomics,1 Moráň, Lukáš, Tiziana Pivetta, Sebastiano Masuri, Kateřina Vašíčková, Franziska Walter, Jo Moustafa Elkalaf, Jan Trnka, Josef Havel, and Petr Vaňhara. 2019. “Mixed Copper(Ii)-Phenan Complexes Induce Cell Death of Ovarian Cancer Cells by Evoking the Unfolded Protein Respon 11 (9): 1481–89. https://doi.org/10.1039/c9mt00055k.